echo -e ">seq1 abc-123\nACGT-ACGT" | seqkit replace -p "(.)" -r '$1 ' -s ### 4. 将每个序列名字改位seq_1,seq_2,利用{nr} echo -e ">abc\nACTG\n>123\nATTT" | seqkit replace -p ".+" -r "seq_{nr}" --nr-width 5 ### 5. 根据已知的key-value的对应表文件来修改姓...
replace-通过正则表达式修改名字或序列rename-重新命名重复的IDrestart-为环状基因组重新设置起始位置concat-将多个文件中含有相同的ID的序列连接成一条序列mutate-编辑序列(点突,插入,删除)6)排序sort-按照id/name/sequence进行排序2、具体用法。添加环境变量(添加到自己的.bashrc,别忘了source):export PATH=path:$...
seqkit grep -s -r -i -p ^atg cds.fa#选取有起始密码子的序列 seqkit grep -f list test.fa > new.fa#根据ID提取序列 seqkit grep -s -d -i -p TTSAA#简并碱基使用。S 代表C or G. seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG##匹配限定到某区域 五、motif定位 对grep的拓展,可以正反...
insertion, deletion) rename rename duplicated IDs replace replace name/sequence by regular...
A cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation - seqkit/seqkit/cmd/replace.go at master · shenwei356/seqkit
| seqkit replace -p "\-" -r '=' # 修改序列:去除序列间隔 echo -e ">seq1 abc-123\nACGT-ACGT" \ | seqkit replace -p " |-" -s # 修改序列:给每一个碱基加上空格 echo -e ">seq1 abc-123\nACGT-ACGT" \ | seqkit replace -p "(.)" -r '$1 ' -s ...
format转换：如fx2tab转换为制表符格式，tab2fx反之，fq2fa将FASTQ转为FASTA。 搜索和定位：grep进行精确或模糊匹配，locate进行定位，fish局部比对查找。 集合操作：如head打印首行，sample抽样，rmdup去除重复序列等。 编辑和排序：replace修改序列，rename重命名，sort进行序列排序。 具体用法：...
举例: seqkit grep -s -r -i -p ^atg cds.fa#选取正链中有起始密码子的序列 seqkit grep -f ID.txt test.fa > new.fa#根据ID提取序列 seqkit grep -s -d -i -p TTSAA#简并碱基使用。S 代表C or G. seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG##匹配限定到某区域 usage:seqkit replace(...
seqkit replace: add some flags to match partly records to edit; these flags are transplanted from seqkit grep. #348 seqkit faidx: allow empty lines at the end of sequences. seqkit faidx/sort/shuffle/split/subseq: new flag -U/--update-faidx: update the FASTA index file if it exists,...
(start:end) rename rename duplicated IDs replace replace name/sequence by regular expression restart reset start position for circular genome rmdup remove duplicated sequences by id/name/sequence sample sample sequences by number or proportion seq transform sequences (revserse, complement, extract ID....