2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出指定碱基n seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta> test.fa...
2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta -w 0 > test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-w n ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rna ex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa...
有时候我们需要将fasta文件中的多行碱基转为单行,方便后续的数据提取,使用seqkit seq -w 0实现,即: seqkit seq -w 0 sequence.fasta >seq_new.fasta 转换前 转换后
seqkitseq[flags]file 参数 代码语言:shell 复制 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta-w0>test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-wn ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rnaex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w100-p-rex.fasta>test.fasta 2.2. 格式转换 fa2fa 代码语言:shell ...
-w每行指定长度数据序列(default=60) # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出指定碱基n seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta ...
seqkit seq test_seq.fa -s -w 40 > test_seq40.fa 注意10,11的微妙之处 11,12也可以一步完成: seqkit seq test.fa -s -w 20 -o test_20.fa 二、Fasta/q之间以及与tab格式互换 10.将fataq文件转化为fasta格式. seqkit seq fq2fa test.fq -o test.fa ...
1.1 序列操作SeqKit提供了丰富的命令行选项，如 seqkit seq，让你轻松处理序列。例如，-p用于获取互补序列，--dna2rna转换DNA为RNA，-l转换为小写，-g移除组装序列中的间隙，-r反向序列，--rna2dna则用于RNA转DNA。你还可以控制每行输出的碱基数，如 seqkit seq ex.fasta -w 60，或者指定长度...
seqkit seq test.fa -w 0#将此文件fasta序列转换成一行输出 seqkit seq -w 100 test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出 seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 ...
编辑和排序：replace修改序列，rename重命名，sort进行序列排序。 具体用法：通过添加环境变量调用，如`export PATH=path:$PATH`，并参照各种命令的参数选项进行操作，例如`seqkit seq -w 100 test.fa`以100碱基为行输出序列。例如，对文件进行长度统计和筛选特定序列：- seqkit fx2tab -l -g -n -i...
-w 代表每行的碱基数量,0代表不换行 #仅仅提取序列 -s seqkit seq gene.fa -s -w 0|head #--将多行序列转化为标准4行FASTQ seqkit seq C1_1.fq.gz -w 0|head 1. 2. 3. 4. 反向/互补 -r 序列反向 -p序列互补 # 序列反向互补,-r反向,-p互补 ...