seqkit seq [flags] file 参数 参数作用 -p 取互补序列 --dna2rna DNA to RNA -l 序列以小写字母输出 -g 移除组装序列中的gap -r 取反向序列 --rna2dna RNA to DNA -u 序列以大写字母输出 -w 每行指定长度数据序列(default=60) # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta...
2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta -w 0 > test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-w n ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rna ex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa...
fasta # DNA序列转换为RNA序列seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,且每行100碱基seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa2fa 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # fastq 转换为 fasta seqkit fq2fa ex1.fq ...
seqkit seqtest.fa rna2dna > test_dna.fa 6.将序列以小写字母的形式输出 seqkit seq test.fa -l > test_lower.fa 7.将序列以大写字母的形式输出 seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa 8.指定每行序列的输出长度(为0的话,代表为一整行,默认的输出 长度是60个碱基) seqkit seq test.fa -w 10 ...
seqkit seq test_seq.fa -s -w 40 > test_seq40.fa 注意10,11的微妙之处 11,12也可以一步完成: seqkit seq test.fa -s -w 20 -o test_20.fa 二、Fasta/q之间以及与tab格式互换 10.将fataq文件转化为fasta格式. seqkit seq fq2fa test.fq -o test.fa ...
1.1 序列操作SeqKit提供了丰富的命令行选项，如 seqkit seq，让你轻松处理序列。例如，-p用于获取互补序列，--dna2rna转换DNA为RNA，-l转换为小写，-g移除组装序列中的间隙，-r反向序列，--rna2dna则用于RNA转DNA。你还可以控制每行输出的碱基数，如 seqkit seq ex.fasta -w 60，或者指定长度...
例如，使用seqkit seq w 100 test.fa命令可以以100碱基为行输出FASTA文件中的序列。此外，Seqkit还支持多种参数和选项，以满足用户的不同需求，如显示序列长度和GC含量、选取有起始密码子的序列等。综上所述，Seqkit以其命令行操作、广泛的功能和高效的处理能力，在处理生物序列数据时成为不可或缺的工具...
切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta2.2. 格式转换fa2fa# fastq ...
-w 代表每行的碱基数量,0代表不换行 AI检测代码解析 #仅仅提取序列 -s seqkit seq gene.fa -s -w 0|head #--将多行序列转化为标准4行FASTQ seqkit seq C1_1.fq.gz -w 0|head 1. 2. 3. 4. 反向/互补 -r 序列反向 -p序列互补 AI检测代码解析 ...
seqkit seq test.fa -w 0#将此文件fasta序列转换成一行输出 seqkit seq -w 100 test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出 seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 ...