默认为 STDIN(默认值:<stdin>) # -l, --label 标题的一组键.(默认:feature、transcript_id、gene_id、seqid、start、end) get_feat_seq 获取特征序列(例如外显子、UTR…).这里直接复制了 $ gtftk get_feat_seq -i simple.gtf -g simple.fa -l feature,transcript_id,start -t exon -n | ...
seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p|head 删除gap/大小写转换 -g 去除序列中的间隔,将中间的横杠去掉 -u转化序列为大写字母展示 echo -e ">seq\nACGT-ACTGC-acc" | seqkit seq -g -u RNA转为DNA —rna2dna 将RNA序列转化为DNA序列 echo -e ">seq\nUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUA" | seqkit seq --rna...
from Bio import SeqIO # 打开fasta文件 handle = open("rfam_pfam.lncRNA.gtf.fa", "r") #...
seqkit: stricter checking for value of global flag -t/--seq-type. seqkit sliding: fix bug for flag -g/--greedy. #54 seqkit translate: fix bug for frame < 0. #55 seqkit seq: add TAB to default blank characters (flag -G/--gap-letters), and fix filter result when using flag -g/...