1.将fastq 文件转换成fasta 文件 seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa 4.subseq 根据name.list(不带>符号)提取...
(全局标志-w定义输出行宽,0表示不换行) seqkit seq reads_1.fq.gz -w 0 #转换多行fq为单行fq seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p #反向互补 echo -e ">seq\nACGT-ACTGC-ACC" | seqkit seq -g -u #移除gap cat hairpin.fa | seqkit seq -m 100 -M 1000 | seqkit stats #过滤序列长度并进行...
seqkit seq C1_1.fq.gz -w 0|head 反向/互补 -r 序列反向 -p序列互补 # 序列反向互补,-r反向,-p互补 seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p|head 删除gap/大小写转换 -g 去除序列中的间隔,将中间的横杠去掉 -u转化序列为大写字母展示 echo -e ">seq\nACGT-ACTGC-acc" | seqkit seq -g -u ...
默认为 STDIN(默认值:<stdin>) # -l, --label 标题的一组键.(默认:feature、transcript_id、gene_id、seqid、start、end) get_feat_seq 获取特征序列(例如外显子、UTR…).这里直接复制了 $ gtftk get_feat_seq -i simple.gtf -g simple.fa -l feature,transcript_id,start -t exon -n | ...
-t, --seq-type string 序列类型 (dna|rna|protein|unlimit|auto) (auto, 按第一个序列自动检测) (default "auto") -j, --threads int CPU数量 (默认单核为1,多核为2) (default 2) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11.
$ seqkit seq hairpin.fa.gz -s -w 0 #只打印序列(-w定义输出行宽,0不换行,默认为60) $ seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p #反向互补(-r 序列反向;-p序列互补) $ echo -e ">seq\nACGT-ACTGC-ACC" | seqkit seq -g -u #删除gap并大写碱基(-g 去除序列中的间隔;-u转化序列为大写字母展示)...
Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件。 github地址: https://github.com/shenwei356/seqkit 下载地址: https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/ 选择适合自己的版本 tar -zxvf seqkit_linux_amd64.tar.gz,解压后只有一个seqkit程序。 发现有很多的功能,多到自己曾经遇到过的所有的序列处理问题(相见恨...
$seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p#反向互补(-r 序列反向;-p序列互补)$echo-e">seq\nACGT-ACTGC-ACC"| seqkit seq -g -u#删除gap并大写碱基(-g 去除序列中的间隔;-u转化序列为大写字母展示)>seqACGTACTGCACC$echo-e">seq\nUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUA"| seqkit seq --rna2dna#RNA 转DNA>seqTCAT...
-t, --seq-type string sequence type (dna|rna|protein|unlimit|auto) (for auto, it automatically detect by the first sequence) (default "auto") -j, --threads int number of CPUs. can also set with environment variable SEQKIT_THREADS) (default 4) ...
(默认是10) seqkit seq 的使用 对序列进行转换(颠倒,互补,提取ID等) Usage:seqkit seq [flags] Flags: -p, --complement 取互补序列 --dna2rna DNA到RNA --rna2dna RNA到DNA -G, --gap-letters string gap letters (default "- \t.") -l, --lower-case 用小写字母打印序列 -M, --max-len ...