2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出指定碱基n seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta> test.fa...
seqkit seq test.fa rna2dna > test_dna.fa 6.将序列以小写字母的形式输出 seqkit seq test.fa -l > test_lower.fa 7.将序列以大写字母的形式输出 seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa 8.指定每行序列的输出长度(为0的话,代表为一整行,默认的输出 长度是60个碱基) seqkit seq test.fa -w 10...
-s, --seq 仅打印序列 -u, --upper-case 以大写形式打印序列 -v, --validate-seq 根据字母表验证碱基 -V, --validate-seq-length int 验证序列的长度(0表示整个序列)(默认 10000) 示例数据 $ cat contigs.fa >seq1 ACTACGACTACGACT >seq2 ACTACGACTACGACT >seq3 AGTCGTAGTCGTAGT 打印序列的 header ...
2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta -w 0 > test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-w n ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rna ex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa...
-u 序列以大写字母输出 -w 每行指定长度数据序列(default=60) 代码语言:javascript 复制 # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出指定碱基n seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,且...
seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p|head 1. 2. 删除gap/大小写转换 -g 去除序列中的间隔,将中间的横杠去掉 -u转化序列为大写字母展示 echo -e ">seq\nACGT-ACTGC-acc" | seqkit seq -g -u 1. RNA转为DNA —rna2dna 将RNA序列转化为DNA序列 ...
go get -u github.com/shenwei356/seqkit/seqkit Subcommands 20 subcommands in total. Sequence and subsequence seqtransform sequences (revserse, complement, extract ID...) subseqget subsequences by region/gtf/bed, including flanking sequences ...
seqkit seq test.fa rna2dna > test_dna.fa ## 小写字母输出 seqkit seq test.fa -l > test_lower.fa ## 大写字母输出 seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa ## 指定每行序列的输出长度(为0的话,代表为一整行,默认的输出 长度是60个碱基) seqkit seq test....
go get -u github.com/shenwei356/seqkit/seqkit Subcommands20 subcommands in total.Sequence and subsequenceseq transform sequences (revserse, complement, extract ID...) subseq get subsequences by region/gtf/bed, including flanking sequences sliding sliding sequences, circular genome supported stat ...
$ seqkit seq *.fa -l > out #将序列以小写字母的形式输出 $ seqkit seq *.fa -u > out #将序列以大写字母的形式输出 $ seqkit seq *.fa -w 10 > out #(指定序列的长度为10)指定每行序列的输出长度(为0的话,代表为一整行,默认的输出 长度是60个碱基) $ seqkit seq *...