tab格式:ID sequence3)序列信息统计A、序列碱基含量及序列长度信息统计seqkit fx2tab [flags]参数:-B, --base-content value 要输出的碱基含量e.g. -B AT -B N-g, --gc print GC content-l, --length print sequence length-n, --name only print names-H --header-line 输出标题行-i, --only-...
-l, --by-length string split sequences into chunks of >=N bases, supports K/M/G suffix -p, --by-part int 按照拆分出来的数量,比如:拆分成两个子文件2。-s, --by-size int 按照序列数量拆分 -f, --force 强制覆盖文件 -h, --help 查看帮助文件 -O, --out-dir string 输出文件夹 (defa...
seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence 三、序列信息统计 1、序列碱基含量及序列长度信息统计 seqkit fx2tab [flags] 参数: -B, --base-content value 要输出的碱基含量e.g. -B AT -B N -g, --gc print GC content -l, --length print sequence length -n, --name only pr...
-l, --length print sequence length -n, --name only print names -i, --only-id print ID instead of full head 举例: seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test.fa 输出结果: #name seq qual length GC gene1 30 40.00 2、序列长度分布统计 ...
tab格式:ID sequence 三、序列信息统计 1、序列碱基含量及序列长度信息统计 seqkit fx2tab [flags] 参数: -B, --base-content value 要输出的碱基含量e.g. -B AT -B N -g, --gc print GC content -l, --length print sequence length -n, --name only print names ...
tab格式:ID sequence 三、序列信息统计 1、序列碱基含量及序列长度信息统计 seqkit fx2tab [flags] 参数: -B, --base-content value 要输出的碱基含量e.g. -B AT -B N -g, --gc print GC content -l, --length print sequence length -n, --name ...
seqkit fx2tab [flags] 参数: -B, --base-content value 要输出的碱基含量e.g. -B AT -B N -g, --gc print GC content -l, --length print sequence length -n, --name only print names -i, --only-id print ID instead of full head ...
tab格式:ID sequence 三、序列信息统计 1、序列碱基含量及序列长度信息统计 seqkit fx2tab [flags] 参数: -B, --base-content value 要输出的碱基含量e.g. -B AT -B N -g, --gc print GC content -l, --length print sequence length -n, --name only print names ...
rmdup:删除重复序列的ID/name/sequence sample:按数量或比例取样 sana:清理不完整的单行fq文件 scat:对fastx进行连接 seq:可用于选择、滤除或随机提取从FASTA或FASTQ文件中的序列 shuffle:随机序列 sliding:在滑动窗口中提取子序列 sort:按id/name/sequence/length排序 ...
2.sort根据id/name/sequence/length重新对序列进行排序。 -n按照全名进行排序 -N, --natural-order按照数字——字母的方式进行排序。 -i忽略大小写。 -l根据序列长度进行排序。 -s根据序列进行排序。 -r反向输出结果。 -2, --two-pass减少内存使用。