seq_seq应用:文本摘要、聊天机器人、机器翻译 seq_seq存在的问题: 1、压缩损失的信息 2、长度限制(一般10-20最好) 解决方法: Attention机制:高分辨率聚焦再图片的某个特定区域,并以低分辨率感知图像的周围区域的模式 具体表现为:对encoder层进行加权 Bucket机制:正常情况要对所有句子进行补全 基础Seq_seq主要包含三...
MNase-seq: (MNase微球菌核酸酶):同时具有核酸外切酶和内切酶活性,优先对裸露的DNA或核小体之间起连接作用的DNA进行切割消化,然后对DNA的两条链依次内切形成双链末端,并从末端向片段的中心位置逐个切下碱基对,直到遇到核小体或DNA结合蛋白等阻滞物。实验时染色质首先使用甲醛固定,再用过量MNase处理,获得单个核小体...
Seq2Seq 模型结构有很多种，下面是几种比较常见的：2.2 编码器 Encoder 这三种 Seq2Seq 模型的主要区别在于 Decoder，他们的 Encoder 都是一样的。下图是 Encoder 部分，Encoder 的 RNN 接受输入 x，最终输出一个编码所有信息的上下文向量 c，中间的神经元没有输出。Decoder 主要传入的是上下文向量 c，然后解码...
全外显子测序(Exome-seq): 首先外显子组(Exome)是指真核生物基因组中全部外显子区域的总和,包含了蛋白质合成最直接的信息。外显子组测序(Exome-seq)是利用设计好的探针将坐标已知的全基因组外显子区域的DNA捕捉并富集后,进行高通量测序的基因组分析方法。 对于人类基因组来说,外显子区域大概占到基因组的1%...
Seq2Seq(Sequence to Sequence,序列到序列模型) 是一种循环神经网络的变种,包括编码器 (Encoder) 和解码器 (Decoder) 两部分。Seq2Seq 是自然语言处理中的一种重要模型,可以用于机器翻译、对话系统、自动文摘…
1. DNase-seq:使用限制性内切酶(DNase I)对样品进行片段化处理。只能切割开放区域的染色质。 2. MNase-seq:MNase-seq使用的酶是限制性外切酶,将不受保护的区域统统切除,只余下核小体上缠绕的DNA序列。可研究与核小体相关的调控因子。 3. ATAC-seq:它使用Tn5转座酶,Tn5随机结合到DNA转录起始位置,它不具备切割...
本文将从Seq2Seq工作原理、Attention工作原理、Transformer工作原理三个方面,详细介绍Encoder-Decoder工作原理。
这两天在总结标题中三种组学方法的分析流程,看到了ENCODE在去年公开的分析流程,感觉像捡到了宝贝一样。一个分析流程是针对ChIP-Seq的,包括转录因子和组蛋白修饰,链接在这里。另一个分析流程是针对ATAC-Seq或者DNAse-Seq的,链接在这里。 之所以说是宝贝,是因为这两个pipeline都提供了一体化的质量控制以及分析流程。开发...
写在前面 1.RNA-Seq是什么?RNA测序(RNA-seq)是一种用于研究转录组的工具,转录组是存在于一个或一组细胞中的总RNA分子,包括蛋白质编码RNA(mRNA)和调...
(2)绘制精细化表达图谱:Rickard等研究发现[1],使用人类细胞图谱(HCA)基准样品(包含人外周血单核细胞(PBMC),HEK293T,小鼠NIH3T3,狗MDCK细胞)进行Smart-seq3…