MNase-seq: (MNase微球菌核酸酶):同时具有核酸外切酶和内切酶活性,优先对裸露的DNA或核小体之间起连接作用的DNA进行切割消化,然后对DNA的两条链依次内切形成双链末端,并从末端向片段的中心位置逐个切下碱基对,直到遇到核小体或DNA结合蛋白等阻滞物。实验时染色质首先使用甲醛固定,再用过量MNase处理,获得单个核小体...
Seq2Seq(Sequence to Sequence,序列到序列模型) 是一种循环神经网络的变种,包括编码器(Encoder)和解码器(Decoder)两部分。Seq2Seq 是自然语言处理中的一种重要模型,可以用于机器翻译、对话系统、自动文摘。 Seq2Seq模型是输出的长度不确定时采用的模型,这种情况一般是在机器翻译的任务中出现,将一句中文翻译成英文,那...
关于seq机架的一些..首先我讲一下它和sam的一个区别 简略的来说seq就是sam的一个精简版本 他的一个内存较之sam会小的很多 对于直播唱歌或者语音厅或者陪玩的小伙伴来说区别并不大
ChIP-seq，指的是结合位点分析法，作为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因...
1. DNase-seq:使用限制性内切酶(DNase I)对样品进行片段化处理。只能切割开放区域的染色质。 2. MNase-seq:MNase-seq使用的酶是限制性外切酶,将不受保护的区域统统切除,只余下核小体上缠绕的DNA序列。可研究与核小体相关的调控因子。 3. ATAC-seq:它使用Tn5转座酶,Tn5随机结合到DNA转录起始位置,它不具备切割...
本文将从Seq2Seq工作原理、Attention工作原理、Transformer工作原理三个方面,详细介绍Encoder-Decoder工作原理。
Seq2Seq, or Sequence To Sequence, is a model used in sequence prediction tasks, such as language modelling and machine translation. The idea is to use one LSTM, the encoder, to read the input sequence one timestep at a time, to obtain a large fixed dimensional vector representation (a co...
这两天在总结标题中三种组学方法的分析流程,看到了ENCODE在去年公开的分析流程,感觉像捡到了宝贝一样。一个分析流程是针对ChIP-Seq的,包括转录因子和组蛋白修饰,链接在这里。另一个分析流程是针对ATAC-Seq或者DNAse-Seq的,链接在这里。 之所以说是宝贝,是因为这两个pipeline都提供了一体化的质量控制以及分析流程。开发...
cnv-seq是一种基因检测方法,能够检测出人类基因组中的拷贝数变异(copy number variants)。它是一种高分辨率的基因组测序技术,可以检测出基因组中微小的变异,包括重复、缺失和其他结构变异。这种检测方法对于遗传疾病的研究和治疗具有重要意义。