2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出指定碱基n seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta> test.fa...
2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta -w 0 > test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-w n ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rna ex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa...
有时候我们需要将fasta文件中的多行碱基转为单行,方便后续的数据提取,使用seqkit seq -w 0实现,即: seqkit seq -w 0 sequence.fasta >seq_new.fasta 转换前 转换后
seqkit seq test_seq.fa -s -w 40 > test_seq40.fa 注意10,11的微妙之处 11,12也可以一步完成: seqkit seq test.fa -s -w 20 -o test_20.fa 二、Fasta/q之间以及与tab格式互换 10.将fataq文件转化为fasta格式. seqkit seq fq2fa test.fq -o test.fa 11.将fasta格式转化为tab格式 seqkit fx2...
fasta # DNA序列转换为RNA序列seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,且每行100碱基seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa2fa 代码语言:javascript 复制 # fastq 转换为 fasta seqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa # FASTA/FASTQ ...
$ seqkit seq hairpin.fa.gz -n -i --id-regexp "^[^\s]+\s([^\s]+)\s"#打印ID中的第二个字段 $ seqkit seq hairpin.fa.gz -s -w 0 #只打印序列(-w定义输出行宽,0不换行,默认为60) $ seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p #反向互补(-r 序列反向;-p序列互补) ...
seqkit seq [flags] file 参数 参数作用 -p取互补序列 --dna2rnaDNA to RNA -l序列以小写字母输出 -g移除组装序列中的gap -r取反向序列 --rna2dnaRNA to DNA -u序列以大写字母输出 -w每行指定长度数据序列(default=60) # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出...
seqkit seq test.fa -l > test_lower.fa 7.将序列以大写字母的形式输出 seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa 8.指定每行序列的输出长度(为0的话,代表为一整行,默认的输出 长度是60个碱基) seqkit seq test.fa -w 10 > test_10.fa #指定序列的长度为10 ...
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab ...
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab ...