2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出指定碱基n seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta> test.fa...
可以看到,seqkit 后面要指定一个 command,常见的 command 有:seq、subseq、sliding、stat 等,具体可以查看说明文档。 seq:转换序列(反转、互补、提取 ID 等) seqkit seq [flags] -p, --complement 补充序列(蛋白质序列留空) --dna2rna DNA转RNA -G, --gap-letter string 缺失字母(默认 "- ") -l, --...
seqkit seq test.fa -w 0#将此文件fasta序列转换成一行输出 seqkit seq -w 100 test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出 seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格...
seqkit seq [flags] file 参数: -p, --complement 取互补序列 --dna2rna DNA to RNA -l, --lower-case 将序列以小写字母形式输出 -g, --remove-gaps 移除组装序列中的gap -r, --reverse 取反向序列 --rna2dna RNA to DNA -u, --upper-case 将序列以大写字母形式输出 ...
-g, --remove-gaps 移除组装序列中的gap -r, --reverse 取反向序列 --rna2dna RNA to DNA -u, --upper-case 将序列以大写字母形式输出 -w, --line-width int 以每行指定长度输出序列 (0 for no wrap) (default 60) 举例: seqkit seq test.fa -w 0#将此文件fasta序列转换成一行输出 ...
seqkit seq [flags] file 参数: -p, --complement 取互补序列 --dna2rna DNA to RNA -l, --lower-case 将序列以小写字母形式输出 -g, --remove-gaps 移除组装序列中的gap -r, --reverse 取反向序列 --rna2dna RNA to DNA -u, --upper-case ...
get_feat_seq 获取特征序列(例如外显子、UTR…).这里直接复制了 $ gtftk get_feat_seq -i simple.gtf -g simple.fa -l feature,transcript_id,start -t exon -n | head -10 index file simple.fa.fai not found, generating...
seqkit seq [flags] file 参数 参数作用 -p取互补序列 --dna2rnaDNA to RNA -l序列以小写字母输出 -g移除组装序列中的gap -r取反向序列 --rna2dnaRNA to DNA -u序列以大写字母输出 -w每行指定长度数据序列(default=60) # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出...
seqkit seq fq2fa test.fq -o test.fa 11.将fasta格式转化为tab格式 seqkit fx2tab test.fa > test_tab.fa (没有seq参数) 三、序列信息统计 1.序列碱基含量 seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test..fa (这些参数组合起来比较好看) 2.序列长度的整体分布统计 ...
-g, --remove-gaps 移除组装序列中的gap -r, --reverse 取反向序列 --rna2dna RNA to DNA -u, --upper-case 将序列以大写字母形式输出 -w, --line-width int 以每行指定长度输出序列 (0 for no wrap) (default 60) 举例: seqkit seq test.fa -w 0#将此文件fasta序列转换成一行输出 ...