默认为 STDIN(默认值:<stdin>) # -l, --label 标题的一组键.(默认:feature、transcript_id、gene_id、seqid、start、end) get_feat_seq 获取特征序列(例如外显子、UTR…).这里直接复制了 $ gtftk get_feat_seq -i simple.gtf -g simple.fa -l feature,transcript_id,start -t exon -n |...
seqtk 是一个快速和轻量级的工具,用于处理序列数据。要将基因组解析处理,使每条染色体变成60bp一行,可以使用 seqtk seq 命令。 假设你有一个基因组文件 genome.fa,你可以运行以下命令 seqtk seq -l 60 genome.fa > genome_60bp.fa seqtk seq 是解析序列数据的命令。 -l 60 指定每行的长度为60个碱基对。 ge...
seqtk seq -L 200 input.fasta > output.fasta 这个命令将从输入的FASTA文件中筛选出长度为200的序列,并将结果写入一个新的输出文件。 2.翻转序列的互补链: shell seqtk seq -r input.fasta > output.fasta 这个命令将从输入的FASTA文件中翻转序列的互补链,并将结果写入一个新的输出文件。 3.修剪序列的质量...
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seqtk subseq -l 40 B1_NR100nl.fasta name.list > out.fa5.随机抽取序列,按照比例或者数量 -s设定随机种子,便于重复seqtk sample -s 10 test.fq 0.4 #比例 seqtk sample -s 10 test.fq 100 #数量6.重命名 会将序列id变为从1到n...seqtk rename in.fa <前缀> > out.fa7...
while ((c = getopt(argc, argv, "l:q:b:e:")) >= 0) { switch (c) { case 'q': param = atof(optarg); break; case 'l': min_len = atoi(optarg); break; case 'b': left = atoi(optarg); break; case 'e': right = atoi(optarg); break; ...
Ocean 海洋🫧:没事爱范点精神病。Ocean 海洋🫧入驻抖音,TA的抖音号是Haiyangbsd,已有44000个粉丝,收获了1153488个喜欢,欢迎观看Ocean 海洋🫧在抖音发布的视频作品,来抖音,记录美好生活!
s[i]]; c1 = comp_tab[(int)seq->seq.s[seq->seq.l - 1 - i]]; @@ -1514,7 +1529,10 @@ int stk_seq(int argc, char *argv[])if (seq_nt16to4_table[seq_nt16_table[(int)seq->seq.s[i]]] > 3) break; if (i < seq->seq.l) continue;...