默认为 STDIN(默认值:<stdin>) # -l, --label 标题的一组键.(默认:feature、transcript_id、gene_id、seqid、start、end) get_feat_seq 获取特征序列(例如外显子、UTR…).这里直接复制了 $ gtftk get_feat_seq -i simple.gtf -g simple.fa -l feature,transcript_id,start -t exon -n |...
seqtk seq -L 200 input.fasta > output.fasta 这个命令将从输入的FASTA文件中筛选出长度为200的序列,并将结果写入一个新的输出文件。 2.翻转序列的互补链: shell seqtk seq -r input.fasta > output.fasta 这个命令将从输入的FASTA文件中翻转序列的互补链,并将结果写入一个新的输出文件。 3.修剪序列的质量...
2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa 4.subseq 根据name.list(不带>符号)提取子序列 -l可设定输出的每行长度 seqtk subseq -l 40 B1_NR100nl.fasta name...
seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa 4.subseq 根据name.list(不带>符号)提取子序列 -l可设定输出的每行长度 s...
Latest commit lh3 r132: add +/- suffix for seq -R Aug 10, 2024 e6ac98d·Aug 10, 2024 History History
seqtk 是一个快速和轻量级的工具,用于处理序列数据。要将基因组解析处理,使每条染色体变成60bp一行,可以使用 seqtk seq 命令。 假设你有一个基因组文件 genome.fa,你可以运行以下命令 seqtk seq -l 60 genome.fa > genome_60bp.fa seqtk seq 是解析序列数据的命令。
seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa 4.subseq 根据name.list(不带>符号)提取子序列 -l可设定输出的每行长度 ...
Ocean 海洋🫧:嗯啊。Ocean 海洋🫧入驻抖音,TA的抖音号是Haiyangbsd,已有43000个粉丝,收获了1153000个喜欢,欢迎观看Ocean 海洋🫧在抖音发布的视频作品,来抖音,记录美好生活!