1.duplicate对序列复制重复-n次 ## 取序列进行重复2次,并进行重新命名cat hairpin.fa|seqkit head-n1|seqkit duplicate-n2|seqkit rename 2.rmdup一个文件内根据id/name/seq来去除重复序列。 -s根据相同的序列来去除重复 -n根据相同的姓名去除重复 -d file.fas保存重复的序列。 -D file_detail.txt重复序列的...
zcat hairpin.fa.gz | seqkit sample -p 0.1 -o sample.fa.gz #按照比例取序列zcat hairpin.fa.gz | seqkit sample -n 1000 -o sample.fa.gz #按照数量 11. rename cat in.fa | less #和seqtk中rename的区别是前者会从1到n重新排序,后者是对后来重复的内容加_2到_n的后缀>a commentacgt>b comment...
seqkit rename: rename ID only, do not append original header to new ID. #236 seqkit fx2tab: for -s/--seq-hash: outputing MD5 instead of hash value (integers) of xxhash. #219 Bugfixes seqkit seq: fix failing to output gzipped format for file name with extension of .gz since ...
编辑和排序：replace修改序列，rename重命名，sort进行序列排序。 具体用法：通过添加环境变量调用，如`export PATH=path:$PATH`，并参照各种命令的参数选项进行操作，例如`seqkit seq -w 100 test.fa`以100碱基为行输出序列。例如，对文件进行长度统计和筛选特定序列：- seqkit fx2tab -l -g -n -i...
这个代码块中，首先检查变量l是否为空，如果不为空， 则输出上一个序列的ID和长度。 然后，使用sub()...
| |[rename](https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/#rename) |Rename duplicated IDs |FASTA/Q | | | | |[concat](https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/#concat) |Concatenate sequences with same ID from multiple files |FASTA/Q |+ only | | | |[restart](https://bioinf.shenwei.me/...
建议亲亲这边先学习一下专业术语，否则提的问题别人很难理解哦= = 盲猜你是要提取fasta里面的chromosome...