seqkit seq [flags] file 参数 参数作用 -p 取互补序列 --dna2rna DNA to RNA -l 序列以小写字母输出 -g 移除组装序列中的gap -r 取反向序列 --rna2dna RNA to DNA -u 序列以大写字母输出 -w 每行指定长度数据序列(default=60) # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta...
-u 序列以大写字母输出 -w 每行指定长度数据序列(default=60) 代码语言:shell AI代码解释 # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出指定碱基n seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 ...
2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta -w 0 > test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-w n ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rna ex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa...
Go开发者：对于使用Go语言的开发者，可以通过执行go get u [url]命令来安装Seqkit。Docker环境：Docker用户可以在安装Docker后，通过命令行操作运行Seqkit。强大的功能：Seqkit提供了丰富的功能，包括序列查看、操作、转换等，如Seq命令。支持子序列提取、翻译、合并、统计等实用功能，例如使用seqkit stats命令...
seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p|head 1. 2. 删除gap/大小写转换 -g 去除序列中的间隔,将中间的横杠去掉 -u转化序列为大写字母展示 AI检测代码解析 echo -e ">seq\nACGT-ACTGC-acc" | seqkit seq -g -u 1. RNA转为DNA —rna2dna 将RNA序列转化为DNA序列 ...
$seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p#反向互补(-r 序列反向;-p序列互补)$echo-e">seq\nACGT-ACTGC-ACC"| seqkit seq -g -u#删除gap并大写碱基(-g 去除序列中的间隔;-u转化序列为大写字母展示)>seqACGTACTGCACC$echo-e">seq\nUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUA"| seqkit seq --rna2dna#RNA 转DNA>seqTCA...
DNA-u序列以大写字母输出-w每行指定长度数据序列（default=60）# 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex...
seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p|head 删除gap/大小写转换 -g 去除序列中的间隔,将中间的横杠去掉 -u转化序列为大写字母展示 echo -e ">seq\nACGT-ACTGC-acc" | seqkit seq -g -u RNA转为DNA —rna2dna 将RNA序列转化为DNA序列 echo -e ">seq\nUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUA" | seqkit seq --r...
seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa 8. 指定每行序列的输出长度 (为0的话，代表为一整行，默认的输出 长度是60个碱基)seqkit seq test.fa -w 10 > test_10.fa (指定序列的长度为10)9.将 多...
seqtk seq -L 100 atha.fasta | less -SN -U 将序列里的小写字母转化为大写,这个应该不用演示了. 2.2 Sample 当我们序列条数过多,全部用于实验会让代码速度减慢,所以有时我们会将序列抽样 从上图理解,格式是seqtk sample in.fa 分数|具体数字,也就是说我们可以抽取多少含量,也可以...