seqkit seq gene.fa -s -w 0|head #--将多行序列转化为标准4行FASTQ seqkit seq C1_1.fq.gz -w 0|head 1. 2. 3. 4. 反向/互补 -r 序列反向 -p序列互补 # 序列反向互补,-r反向,-p互补 seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p|head 1. 2. 删除gap/大小写转换 -g 去除序列中的间隔,将中间的...
1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互补序列 seq test.fa -p > test_com.fa 3.取反向互补序列 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 4.DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq test.fa --nda2rna > test_rna.fa 5.RNA序列转换为DNA序列 seqkit seq test.fa rna2dna ...
2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出指定碱基n seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta > test....
seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互补序列 seqkit seq test.fa -p > test_com.fa 3.取反向互补序列 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 4.DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq test.fa --nda2rna > test_rna.fa 5.RNA序列转换为DNA序列 seqkit seqtest.fa rna2dna > test_...
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab ...
seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta -w 0 > test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-w n ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rna ex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta ...
seqkit seq test.fa -w 0#将此文件fasta序列转换成一行输出 seqkit seq -w 100 test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出 seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 ...
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab ...
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab ...
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab ...