这个功能主要是对.fasta和.fastq格式的文件进行格式化. −l 主要是让序列每行显示多少个碱基 #每行显示60个氨基酸 seqtk seq -l 60 atha.fasta | less -SN -L 将短于x的序列删掉. # 将短于100的氨基酸序列删除 seqtk seq -L 100 atha.fasta | less -SN -U 将序列...
6.将序列以 小写字母 的形式输出 seqkit seq test.fa -l > test_lower.fa 7.将序列以 大写字母 的形式输出 seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa 8. 指定每行序列的输出长度 (为0的话，代表为一整行，默认的输...
seqkitseq[flags]file 参数 代码语言:shell 复制 # 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta-w0>test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-wn ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rnaex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w100-p-rex.fasta>test.fasta 2.2. 格式转换 fa2fa 代码语言:shell ...
from Bio import SeqIO # 打开fasta文件 handle = open("rfam_pfam.lncRNA.gtf.fa", "r") #...
seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa 4.subseq 根据name.list(不带>符号)提取子序列 -l可设定输出的每行长度 ...
1.1 序列操作SeqKit提供了丰富的命令行选项，如 seqkit seq，让你轻松处理序列。例如，-p用于获取互补序列，--dna2rna转换DNA为RNA，-l转换为小写，-g移除组装序列中的间隙，-r反向序列，--rna2dna则用于RNA转DNA。你还可以控制每行输出的碱基数，如 seqkit seq ex.fasta -w 60，或者指定长度...
编辑和排序：replace修改序列，rename重命名，sort进行序列排序。 具体用法：通过添加环境变量调用，如`export PATH=path:$PATH`，并参照各种命令的参数选项进行操作，例如`seqkit seq -w 100 test.fa`以100碱基为行输出序列。例如，对文件进行长度统计和筛选特定序列：- seqkit fx2tab -l -g -n -i...
seqkit bam: new field RightSoftClipSeq. #172 seqkit sample -2: remove extra \n. #173 seqkit split2 -l: fix bug for splitting by accumulative length, this bug occurs when the first record is longer than -l, no sequences are lost.SeqKit...
seqkit seq hairpin.fa.gz -i --id-regexp"^[^\s]+\s([^\s]+)\s" 2.subseq根据区域/gtf/bed文件提取序列,以1为开始。 -r 1:12取每条序列的前12bp --gtf a.gtf b.fas根据gtf文件提取序列 --gtf --feature cds -u 1000提取cds序列以及上游1000bp启动子区序列。
-`seqkit bam`: new field`RightSoftClipSeq`.[#172](https://github.com/shenwei356/seqkit/pull/172) -`seqkit sample -2`: remove extra`\n`.[#173](https://github.com/shenwei356/seqkit/issues/173) -`seqkit split2 -l`: fix bug for splitting by accumulative length, this bug occurs whe...