利用单细胞进行 RNA-seq 是 Surani 实验室在 2009 年开发出来的,扩增的方法主要是使用将RNA pull down下来,然后使用polyT 引物反转录带 ployA 的 RNA,同时引物上含有特定的 anchor 序列。 研究人员借鉴了基于 microarray 用于 single cell sequence 的技术后,修改了一些实验条件(比如延伸时间等),从而获得全长的 c...
AI代码解释 >ReadIDREADSEQUENCE+SEQUENCINGQUALITYSCORES 3.3.2 BAM BAM文件格式以标准且有效的方式存储比对过的reads。人类可读的版本称为SAM文件,而BAM文件是高度压缩的版本。BAM / SAM文件包含标题。标题通常包括有关样品制备,测序和比对的信息; 和每个read的每个比对的制表符分隔行。 alignment行使用具有以下列的标...
@ReadID READ SEQUENCE + SEQUENCING QUALITY SCORES一般来说,fastq 文件是使用质量控制工具(如 FastQC)进行预处理的。这将输出一系列评估序列 reads 质量的指标。⚠️但是fastq文件不一定是 单细胞 RNA-SeqFASTQ 文件是一种通用的测序数据格式,广泛应用于各种类型的测序实验,包括但不限于: 常规的 RNA-Seq(转录...
由于二代测序illumina测序平台不能测定很长的序列,因此要将质检合格后的cDNA打断成为200~300 bp的片段,然后通过末端修复添加P5,P7,read 2 primer sequence,a sample index or two sample index(i5和i7)序列。read 2 primer sequence为第二段测序引物,通过引入两段测序引物可以实现双端测序,从而实现对更长序列的测定。
灵魂发问:How many cells must I sequence and to what depth? 测序需要的细胞数跟样本的异质性相关,即样本复杂度越高,需要的细胞数木越多。例如高度多样化的T淋巴细胞群, 能表达不同的antigen receptors,更多的细胞能提高检测不同亚群的检验效能(statistical power)。当然很多时候我们无法预估检测样本的异质性,不过...
READ SEQUENCE + SEQUENCING QUALITY SCORES 3.3.2 BAM BAM 文件格式以标准且有效的方式存储比对过的 reads。人类可 读的版本称为 SAM 文件,而 BAM 文件是高度压缩的版本。BAM / SAM 文件包含标题。标题通常包括有关样品制备,测序和比对的信息; 和每个 read 的每个比对的制表符分隔行。 alignment 行使用具有以下...
Clinical-mediated discovery of pyroptosis in CD8+ T cell and NK cell reveals melanoma heterogeneity by single-cell and bulk sequence Cell Death and Disease; IF:9.000; DOI: 10.1038/s41419-023-06068-5 内容概要:通过单细胞转录组和bulk RNA-seq的综合分析,发现黑色素瘤组织中免疫细胞(如CD8+ T细胞和...
themafterprocessing.Single-cellsequencingcansequencethegenomeorRNAofa singlecellandprovidetheRNAexpressionprofileofeachcellseparately. Single-cellRNAsequencingcanfindrarecellsinheterogeneouscellpopulations. Tumorcellheterogeneitymaybeproducedduetotheaccumulatedmutationsingenetic material,butthesametumorcellsmayalsohavedifferenc...
Clinical-mediated discovery of pyroptosis in CD8+ T cell and NK cell reveals melanoma heterogeneity by single-cell and bulk sequence Cell Death and Disease; IF:9.000; DOI: 10.1038/s41419-023-06068-5 内容概要:通过单细胞转录组和bulk RNA-seq的综合分析,发现黑色素瘤组织中免疫细胞(如CD8+ T细胞和...
High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity A single-cell atlas of the peripheral immune response to severe COVID-19 Single-cell landscape of bronchoalveolar immune cells in patients with C...