单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞水平上测量基因表达,并揭示单个细胞或同源细胞类型中基因表达的异质性。 方法 1. 肺癌的scRNA-seq数据集来自之前的研究-Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor microenvironmental pat...
比对基因组序列是有很多工具的,当然这个是用于RNA-seq的,我的例子给的是scRNA-seq,应当使用10X自己的cellranger来处理,然后导入scanpy分析。此处只列举STAR,至于HISAT2, TopHat暂不考虑。 首先是安装STAR这个分析软件: sudo apt-get install g++ make # 确保已安装C++编译器(如g++)和Make工具 wget https://githu...
综上所述,将细胞和核蛋白质文件相结合既有助于揭示特定细胞类型的原生质体响应基因,又能提供转录表达的深度。 扩展数据图1 使用小提琴图对单细胞RNA-seq文件进行质量控制和准确性分析。a 细胞与核中检测到的UMI数量分布图。b 细胞与核中检测到的基因数量分布图。c 拟南芥和玉米单个细胞或单个核的基因表达与整个根...
最近的scRNA-seq研究已经证明了识别新的预测ICI反应或耐药性的生物标志物的能力。一项对接受ICI治疗的转移性黑色素瘤患者样本进行的scRNA-seq分析发现,与积极阳性结果相关的CD8+T细胞群中富含TCF7+记忆样形态 (图4) 。 图4. 接受ICI治疗的转移性黑色素瘤患者样本进行的scRNA-seq分析 除了传统的CD8+T细胞介导的与IC...
每个基因都是一个乐器，而RNA-seq数据就是记录了演奏过程中每个乐器的声音大小。通过分析RNA-seq数据，...
scRNA-seq和snRNA-seq是两种常用的单细胞测序技术,它们在实验设计、样本处理和数据分析等方面存在一些区别。 一、定义和原理: 1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。
单细胞测序｜scRNA-seq & snRNA-seq怎么？随着对科学研究的不断深⼊，近期，有越来越多的科研工作者开始关注单细胞核测序（snRNA-seq）。但由于单细胞RNA测序与单细胞核RNA测序普及的时间较短，大部分科研工作者易陷入选择的泥沼。小编寄希望通过本文，以简化的表格形式一分钟教会大家应该如何选择适合的科研服务：...
其中一个重要的原因是:在Bulk RNA-seq的策略下,我们无法判断两个RNA分子是否在同一类细胞内表达,那么两个RNA分子组织水平的平均表达相关性无法作为它们之间存在调控关系的严格证据。下面举一个例子。假设某个组织只由细胞A和细胞B构成。如下表我们可以看到,通过实验组和对照组的比较,我们发现无论在细胞A还是细胞B中...
scRNA-seq和bulk RNA-seq也因此形成了细胞与基因上面的互补。在实际关联中,我们可以采用两个实验设计思路: (1)scRNA-seq补充bulk RNA-seq,bulk RNA-seq初步确定基因,scRNA-seq确定相关细胞类型,这个思路适合对于细胞的精细化研究。细胞大类是前人已经有所研究时,为了提高文章创新性,我们就需要向更精细的细胞类型进行...
在单细胞研究的舞台上，scRNA-seq（单细胞RNA测序）与snRNA-seq（单核RNA测序）像是两把利剑，各自瞄准不同的挑战。scRNA-seq因其广泛的应用范围和基因丰富度而备受瞩目，但冻存样本的处理对其结果影响显著。相比之下，snRNA-seq通过关注细胞核转录，巧妙地绕过了解离和转录偏差，尤其适合冻存样本，却牺...