同时继续广泛调研scRNA-seq,RNA-seq相关的工作内容的建设途径。 4月16日日志 今天上午在研究服务器选择什么价格能最高性价比的完成工作。下午做实验,晚上从GEO下载了一个RSA数据,就是RNA-seq的原始数据(raw data),想起来未来还是要教后来者学会这些,所以简单记录一下流程代码。 (零)环境配置 wget https://repo....
bulk RNA-seq获得的是组织或器官等大量细胞中表达信号的均值,无法获取细胞之间的差异信息(即丢失了细胞的异质性), 而单细胞测序技术可以很好的弥补bulk RNA-seq这一不足,即获取混合样本中细胞的异质性信息。 文章单细胞RNA测序(scRNA-seq)Seurat分析流程入门中涉及Seurat对象的构建、访问和数据提取等操作,本文将对Seu...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞水平上测量基因表达,并揭示单个细胞或同源细胞类型中基因表达的异质性。 方法 1. 肺癌的scRNA-seq数据集来自之前的研究-Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor microenvironmental pat...
scrna-seq通过捕获单个细胞的全部RNA分子(即转录组),利用高通量测序技术解析其基因表达谱。与传统“批量测序”(Bulk RNA-seq)不同,它能够区分单个细胞之间的表达差异,例如发现稀有细胞类型或揭示肿瘤微环境中的细胞亚群。 二、核心特点与优势 高分辨率:精确到单细胞水平,避免批量...
1.Bulk RNA-Seq: 每一个组织切片被视为一个样本,可以取多个切片进行分析,因此可以进行重复实验以提高可靠性。 2.scRNA-Seq: 每一个细胞被视为一个样本,由于每一个细胞都是唯一的,因此无法进行重复实验。 (2)单细胞分离操作 1、手动移液器 手动移液器是一种利用细长的玻璃管吸取细胞的实验工具。手动移液器...
随着高通量单细胞RNA-seq测序技术的发展,scRNA-seq数据集的大小已经从单个细胞增长到数百万个细胞,如何将这些高维度的数据可视化也是生物信息一个重要的应用领域。这一期给大家介绍一些scRNA-seq文章中常见的图,希望给大家带来一些新的作图思路. 我们下面主要介绍的是R 包Seurat提供的作图功能。常见的scRNA-seq数据分析...
图1 组织与单细胞RNA-seq的比较 scRNA-seq数据集的范围从每项研究的数百到数百万个细胞不等,并且规模每年都在增加。有几种不同的协议可用,包括商业和开放访问,每种协议都有自己的优点和缺点。 图2 测序技术发展示意图 测序技术介绍 01、样品制备协议 ...
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。
在该研究中,作者分别计算了TNBC患者bulk RNA-seq数据集中myCAF、iCAF、dPVL和imPVL簇的signature平均表达与CTL水平的相关性,结果发现,dPVL细胞是唯一与CTL水平显著负相关的亚群,这表明dPVL是与T细胞排斥相关的主要亚群。为了进一步探讨这种相关性,作者对单细胞数据集的五名患者进行肿瘤浸润性淋巴细胞(TILs)和CTL病理...