【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2573、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 372、转发人数 31, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq)、scRNA-seq、snRNA-seq的区别? (转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细...
现在纯生信文章还能发吗?当然可以!这篇文章零实验,scRNA-seq与bulk RNA-seq联 合分析,两种测序结果相互印证,轻松发7分+文章!关注起来,布小谷这里有很多生信热点等你来哦,手把手教你如何轻松上手生信文章!肿瘤相关成纤维细胞(CAF)在癌症进展中起重要作用,人们对C
研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。
scRNA-seq与bulk RNA-seq的联合应用双重奏 Nature Medicine曾发表一篇关于转录组分析的双重奏报道。文章通过scRNA-seq与bulk RNA-seq联合应用探索与黑色素瘤患者免疫检测点阻断毒性相关的T细胞特征,发现治疗前外周血中的激活的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性与严重的irAE发生相关。首先对单细胞研究队列中黑色素瘤患者治疗前外...
提及scRNA-seq和bulk RNA-seq,研究者常见到他们同时出现的地方是技术对比,常听到的是scRNA-seq相较于bulk RNA-seq做出了多重要的技术革新。事实上,两个技术对于建库策略的不同造就了两个技术的主要适用情境的差异——scRNA-seq的重点放在了对细胞类型的解析上,例如基因表达谱、细胞分化继承关系等,侧重于从细胞类型...
两种技术各有优势：Bulk RNA-seq代表细胞群体，适合大规模研究，而scRNA-seq则能精细捕捉单细胞异质性。2019年Cell上的一项研究通过联合scRNA-seq和bulk RNA-seq，揭示了小鼠和人类树突状细胞的异质性基础，通过比较两种测序结果，验证了scRNA-seq的准确性，发现了新的DC亚型，并利用流式细胞术深度分析细胞...
2.Bulk RNA-seq& scRNA-seq联合分析有哪些？scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& ...
具体应用则根据实际情景有所侧重,多个效应细胞群体侧重细胞间差异,单个或两个效应细胞群体侧重处理组之间的差异;二是RNA覆盖度的扩展,引入非编码RNA甚至是可变剪切的特征描述,这是bulk RNA-seq相对于scRNA-seq的一个重要优势,同时非编码RNA也是调控基因表达的一个重要因素,更完善的基因调控网络的构建更有助于提高文章...