今年5月,浙江大学医学院附属邵逸夫医院章仲恒教授团队综合单细胞RNA-seq和BulkRNA-seq分析探索了UTI对脓毒症的潜在机制。该研究结果已以论文《Integrated Single Cell and Bulk RNA-Seq Analysis Revealed Immunomodulatory Effects of Uli...
与此同时,基于bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq进行GSEA分析(图4E和F),bulk RNA-seq分析的结果表明,高FeAS GBM样本中自然杀伤细胞增殖、白细胞介素-6介导的信号通路的负调控、高样本中巨噬细胞分化等通路;在低FeAS GBM样本中,谷氨酸分泌的正调控、谷氨酸受体信号通路的调控等通路被激活。在单细胞RNAseq分析中,炎症...
METAFlux可以根据bulk RNA-seq和scRNA-seq数据预测癌症代谢通量,以解决这些分析空白。METAFlux能够以nutrient-aware的方式使用癌症基因表达数据来表征整个代谢回路并输出non-degenerative通量。对于scRNA-seq 数据,METAFlux还检查TME中细胞类型之间的代谢异质性和相互作用。 METAFlux工作流程 METAFlux的性能测试 开发团队利用细胞系...
scDEAL突出了以下几个方面:(i)它可以使用来自癌症药物敏感性基因组学(GDSC)数据库和癌细胞系百科全书(CCLE)的大量bulk RNA-seq药物反应信息来训练和优化模型;(ii)为了考虑bulk数据和scRNA-seq数据之间的数据结构差异,scDEAL协调单细胞和bulk数据的嵌入,以确保药物反应标签可从bulk数据转移到单细胞数据;(iii)为了避免...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2481、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 367、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
(CCLE)的大量bulk RNA-seq药物反应信息来训练和优化模型;(ii)为了考虑bulk数据和scRNA-seq数据之间的数据结构差异,scDEAL协调单细胞和bulk数据的嵌入,以确保药物反应标签可从bulk数据转移到单细胞数据;(iii)为了避免在scRNA-seq数据中丢失异质性,scDEAL在每个训练epoch代入细胞簇标签;(iv)scDEAL整合梯度解释推断药物...
在该研究中,作者分别计算了TNBC患者bulk RNA-seq数据集中myCAF、iCAF、dPVL和imPVL簇的signature平均表达与CTL水平的相关性,结果发现,dPVL细胞是唯一与CTL水平显著负相关的亚群,这表明dPVL是与T细胞排斥相关的主要亚群。为了进一步探讨这种相关性,作者对单细胞数据集的五名患者进行肿瘤浸润性淋巴细胞(TILs)和CTL病理...
本文作者提出了scDEAL,这是一个通过整合大规模bulk细胞系数据在单细胞水平上预测癌症药物反应的深度迁移学习框架。scDEAL的亮点在于协调药物相关的bulk RNA-seq数据与scRNA-seq数据,并通过迁移学习把在bulk RNA-seq数据上训练的模型用以预测scRNA-seq中的药物反应。scDEAL的另一个特点是整合梯度特征解释来推断耐药机制...
METAFlux可以根据bulk RNA-seq和scRNA-seq数据预测癌症代谢通量,以解决这些分析空白。METAFlux能够以nutrient-aware的方式使用癌症基因表达数据来表征整个代谢回路并输出non-degenerative通量。对于scRNA-seq 数据,METAFlux还检查TME中细胞类型之间的代谢异质性和相互作用。
今天来跟大家分享一款非常优秀的桌面级的RNAseq定量软件——kallisto。该软可以同时用于bulk and single-cell RNA-Seq 以及一些常见的目标捕获的高通量测序数据的定量。与以往常用的STAR等依赖基因组序列的比对软件不同,kallisto采用一种被称作伪比对(pseudoalignment)的方式直接将测序片段直接比对到cDNA序列然后定...