>3SD的基序被认为具有统计学意义;(C)富集基序的序列标识图;(D)前六个富集基序的结果;(E)从“mirtarbase”表中鉴别的前5个miRNA及其靶基因的网络可视化 单细胞RNA-Seq显示UTI组中骨髓源性抑制细胞(MDSC)扩增 两例接受UTI治疗的...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2287、弹幕量 0、点赞数 91、投硬币枚数 47、收藏人数 354、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq)、scRNA-seq、snRNA-seq的区别? (转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
单细胞测序是对单个细胞的RNA进行测序,我们之前所接触到的都是取肿瘤组织或血液样本等,对这一群细胞的混合RNA进行测序,能够得到的是一群细胞的转录组的平均数据,或者说是代表性数据,细胞之间的异质性信息往往被掩盖。 举个例子,一块肿瘤组织,肿瘤中心与肿瘤边缘的细胞表达情况一样吗?显然不一定,而如果想研究肿瘤微...
RNA-seq:用于测定细胞或组织中RNA的相对丰度,从而了解基因表达水平。 5. 优缺点: 优点:成本相对较低,数据处理相对简单,适用于已知细胞群体的研究。 缺点:无法提供单个细胞水平的信息,无法解析细胞异质性。 如何选择: 研究目的:根据研究问题和目的选择合适的测序方法,如果需要了解单个细胞之间的差异,选择单细胞测序;如...
Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics 需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;非常消耗运存和内存,一般情况下需要利用服务器做...
RNA-Seq是技术相对更成熟,应用最广泛,最适合生物信息学人门的方向。bulk RNA-Seq是最普遍的转录组测序方法,所谓bulk就是我们测的是所有细胞的总RNA(mRNA)取平均值代表每个基因的表达量。 我们从公司得到的原始的下机数据是fastq格式的文件如图 FASTQ Format (Illumina example) ...
具体应用则根据实际情景有所侧重,多个效应细胞群体侧重细胞间差异,单个或两个效应细胞群体侧重处理组之间的差异;二是RNA覆盖度的扩展,引入非编码RNA甚至是可变剪切的特征描述,这是bulk RNA-seq相对于scRNA-seq的一个重要优势,同时非编码RNA也是调控基因表达的一个重要因素,更完善的基因调控网络的构建更有助于提高文章...