>3SD的基序被认为具有统计学意义;(C)富集基序的序列标识图;(D)前六个富集基序的结果;(E)从“mirtarbase”表中鉴别的前5个miRNA及其靶基因的网络可视化 单细胞RNA-Seq显示UTI组中骨髓源性抑制细胞(MDSC)扩增 两例接受UTI治疗的...
现在纯生信文章还能发吗?当然可以!这篇文章零实验,scRNA-seq与bulk RNA-seq联 合分析,两种测序结果相互印证,轻松发7分+文章!关注起来,布小谷这里有很多生信热点等你来哦,手把手教你如何轻松上手生信文章!肿瘤相关成纤维细胞(CAF)在癌症进展中起重要作用,人们对C
单细胞测序是对单个细胞的RNA进行测序,我们之前所接触到的都是取肿瘤组织或血液样本等,对这一群细胞的混合RNA进行测序,能够得到的是一群细胞的转录组的平均数据,或者说是代表性数据,细胞之间的异质性信息往往被掩盖。 举个例子,一块肿瘤组织,肿瘤中心与肿瘤边缘的细胞表达情况一样吗?显然不一定,而如果想研究肿瘤微...
Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;非常消耗运存和内存,一般情况下需要利用服务器做比对...
RNA-seq:用于测定细胞或组织中RNA的相对丰度,从而了解基因表达水平。 5. 优缺点: 优点:成本相对较低,数据处理相对简单,适用于已知细胞群体的研究。 缺点:无法提供单个细胞水平的信息,无法解析细胞异质性。 如何选择: 研究目的:根据研究问题和目的选择合适的测序方法,如果需要了解单个细胞之间的差异,选择单细胞测序;如...
随着测序技术的快速发展,Bulk RNA-seq已经广泛地应用于转录组分析。新近发表的方法和工具可以对转录组数据进行更深入的挖掘,尤其是交互式和在线的工具为数据分析提供了更加便利的选择。为满足同学们在科学研究中的各种需求,基因测序与分析平台现举办Bulk RNA-...
bulk RNA数据分析:接着,使用bulk RNA测序数据进一步筛选这些特定条件下差异表达的基因,并探究其可能的转录因子调控机制和相关通路。 联合分析:将scRNA-seq和bulk RNA测序数据的结果进行联合分析,取交集,从而确认与疾病密切相关的目标基因和分子调控机制。 案例分享:干扰素刺激基因在系统性红斑狼疮(SLE)中的表达特征和调控...
在该研究中,作者分别计算了TNBC患者bulk RNA-seq数据集中myCAF、iCAF、dPVL和imPVL簇的signature平均表达与CTL水平的相关性,结果发现,dPVL细胞是唯一与CTL水平显著…
Bulk RNA-seq和单细胞测序都是基于高通量测序技术的RNA分析方法,但其原理有所不同。 Bulk RNA-seq技术原理: 1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。