Bulk RNA-seq研究能保证测序深度,实现转录本的均匀覆盖,但特异性不足;scRNA-seq研究能精细到细胞水平,去除污染,保证基因检出的高特异性,但低丰度细胞类型,转录本检出的敏感性又差。很多研究开始两种技术结合使用,追赶热点的同时,实现优势互补,提升基因表达检测的全面性和准确性。 今天为大家解读的这篇影响因子7.4的文...
所以,我们可以选择一条相对并行的分析策略,bulk RNA-seq注重对基因的解读,scRNA-seq注重对细胞的解读,二者通过进一步基因来形成关联,这是充分利用了两个技术的优势特性。在这条分析思路中,基因承载着两个功能:机制解析和细胞注释。bulk RNA-seq可以通过多样的差异分析手段初步得到感兴趣的基因集合(这是标准的普通转录...
1.借助公共bulk RNA-seq数据分析了CCA的免疫微环境。 2.进一步通过H&E、IHC、MIHC等病理方法区分不同成熟阶段的TLS。 3.借助H&E染色组织切片将样本分为TLS阴性组和TLS阳性组,用bulk RNA-seq寻找差异基因,筛选TLS marker,并用IHC方法进行了验证。 4.根据TLS在肿瘤的不同区域进行划分,研究发现TLS在不同区域的不...
旨在通过追踪单细胞最新研究热点,分享单细胞科研前沿信息,知识干货,为大家提供一个专业的单细胞测序分享与沟通交流平台。 如何做科研生物科学 知识 科学科普 生命 bulk RNA-seq 罕见病 测序 遗传病 寻因生物 发消息 全链条双平台单细胞测序应用引领者,关注公众号【寻因生物SeekGene】,获得更多单细胞测序资讯 ...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2527、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 368、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
bulk RNA-seq | 下游分析 | 功能富集分析 ORA - clusterProfiler 功能富集分析 ORA | clusterProfiler 读取本地化KEGG数据 ORA算法的主要思想是统计评估目标基因集中属于特定功能条目的基因的比例。如果这种比例出现的可能性(期望)很低,远低于随机事件发生的概率,那么我们就认为我们观察到的富集情况是“显著”的。该过...
细胞作为人体最小的功能单位,其基因表达与功能特异性与疾病的致病机理息息相关。传统细胞研究——Bulk测序(Bulk RNA-seq)是在大量细胞平均水平上对整个细胞群进行组学分析,得到每一部分细胞基因表达的平均值,而丢失了每个细胞的异质性信息...
bulk RNA-seq 实验中差异表达的基因代表条件之间大细胞聚集体中总表达水平的变化。因此,条件之间的表达倍增是重要且有意义的,因为它告诉我,在一种条件下表达基因 A 的细胞大约是另一种条件下表达基因 A 的细胞的两倍。对于单细胞“差异表达”,大多数时候我真正想知道的是哪些基因在一组细胞中表达,而在其他任何地...
(2) 之后用bulk RNA-Seq数据分析了上述找到的关键PI3K-AKT通路相关基因的表达模式,确认是CAFs释放的信号分子激活了肿瘤细胞中的PI3K-AKT通路。 (3) 最后通过TCGA和GTEx数据库证实了PI3K-AKT通路的一组配体和受体的潜在预后价值。为开发针对CAFs和癌细胞之间相互作用的治疗方法提供了理论基础。
两种技术各有优势：Bulk RNA-seq代表细胞群体，适合大规模研究，而scRNA-seq则能精细捕捉单细胞异质性。2019年Cell上的一项研究通过联合scRNA-seq和bulk RNA-seq，揭示了小鼠和人类树突状细胞的异质性基础，通过比较两种测序结果，验证了scRNA-seq的准确性，发现了新的DC亚型，并利用流式细胞术深度分析细胞...