Bulk RNA为scRNA数据提供指引,高变基因的表达又可以相互验证。 文章思路 中文题目: scRNA-seq揭示了平滑肌细胞亚群对动脉粥样硬化发生的作用 组学研究样本设计: Bulk RNA共40例:3只WT,3只3S-ASCVD,各取AS易发和AS抗性共7个区域的动脉进行RNA-seq。 scRNA共7例:一只WT和一只3S-ASCVD的AS易发区域的髂动脉和AS抗性...
在文章《RNA-Seq—特应性皮炎分子机制研究的利器》中,对RNA-Seq在特异性皮炎分子机制研究中的作用进行了详细的阐述,可全面分析组织、血液、石蜡包埋切片(FFPE)等样本的mRNA表达情况,探究特异性皮炎(AD)的发病机制,尤其是相关免疫和炎症通路,如Th1、Th2、Th17、Th22细胞极化过程等。 熙宁生物|精翰生物持续关注行业...
1.借助公共bulk RNA-seq数据分析了CCA的免疫微环境。 2.进一步通过H&E、IHC、MIHC等病理方法区分不同成熟阶段的TLS。 3.借助H&E染色组织切片将样本分为TLS阴性组和TLS阳性组,用bulk RNA-seq寻找差异基因,筛选TLS marker,并用IHC方法进行了验证。 4.根据TLS在肿瘤的不同区域进行划分,研究发现TLS在不同区域的不...
scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& scRNA-seq有哪些？在文章中是如何应用的？No.1...
根据前人结果和DAP-seq,挖掘了与GoPGF共表达的基因,来缩小参与调控色素腺发育的靶基因列表。整合DAP和scRNA结果,建立了GoPGF的靶基因调控网络。 从bulk RNA-seq中分析了这些TF的表达模式,结果发现TF的表达量都随萌发而增加,证实了从scRNA中色素腺形成和发育的模型。
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【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2479、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 367、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
从bulk RNA-seq角度来看,用差异可变剪切来衡量是否有转录本的差异似乎有些鸡肋!目前,已经有不少软件可用于转录本表达定量,如kallisto、salmon等,如果单纯的想从转录本水平的丰度看是否有差异,使用这些软件定量后,再做个差异分析,这岂不是更直接了当,还需要可变剪切这样较隐晦的方式么?
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...