之前铁死亡已经在科研界掀起过一波风浪,铁死亡常规分析的文章基本都已发表,但是铁死亡热度依然没有减退,小编也一直在寻找铁死亡新思路出,这不,Front Immunol(Q2, IF=7.561)铁死亡bulk RNA+scRNA分析的新思路就见刊了,bulk RNA+scRNA的分析也是近来的趋势,单独分析bulk RNA毕竟太过片面。 公开数据库纯生信铁死亡bulk RNA...
单细胞RNA-seq和Bulk RNA-seq综合分析揭示乌司他丁在脓毒症中的免疫调节作用:一项多中心队列研究 脓毒症是重症监护室中发病和死亡的主要原因。乌司他丁(UTI)作为一种免疫调节剂,可以改善脓毒症预后,被广泛应用于临床实践。但UTI...
本文作者提出了scDEAL,这是一个通过整合大规模bulk细胞系数据在单细胞水平上预测癌症药物反应的深度迁移学习框架。scDEAL的亮点在于协调药物相关的bulk RNA-seq数据与scRNA-seq数据,并通过迁移学习把在bulk RNA-seq数据上训练的模型用以预测scRNA-seq中的药物反应。scDEAL的另一个特点是整合梯度特征解释来推断耐药机制...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2481、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 367、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
表征肿瘤微环境(TME)中的代谢重编程在癌症研究和治疗中具有重要意义。近日,《Nature Communications》发表了一个计算框架——METAFlux,可以从bulk或单细胞转录组数据中推断代谢通量。 METAFlux是什么? METAFlux可以根据bulk RNA-seq和scRNA-seq数据预测癌症代谢通量,以解决这些分析空白。METAFlux能够以nutrient-aware的方式使...
近些年,单细胞思路是生信研究热点,非肿瘤的单细胞数据相对较少,因此巧妙地运用单细胞数据,是提高文章质量的关键。今天分享一篇非肿瘤相关的纯生信文章,将Single-cell和Bulk RNA数据相结合,用常规的分析方法,发表在Frontiers in Immunology上,一起来看看吧。
在该研究中,作者分别计算了TNBC患者bulk RNA-seq数据集中myCAF、iCAF、dPVL和imPVL簇的signature平均表达与CTL水平的相关性,结果发现,dPVL细胞是唯一与CTL水平显著…
Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics 需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;非常消耗运存和内存,一般情况下需要利用服务器做...
Bulk RNA-seq和单细胞测序都是基于高通量测序技术的RNA分析方法,但其原理有所不同。 Bulk RNA-seq技术原理: 1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。
不得不承认,单细胞的出现确实是具有划时代意义的,将组学研究的视野提高到了一个新的维度;随之而来的,单细胞转录组、单细胞ATAC-seq、单细胞免疫组库、单细胞蛋白组等单细胞技术如雨后春笋般出现在人们的视野中,依稀单细胞多组学时代真正到来。 Each technology measures only particular aspects of cellular identity ...