Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
今年5月,浙江大学医学院附属邵逸夫医院章仲恒教授团队综合单细胞RNA-seq和BulkRNA-seq分析探索了UTI对脓毒症的潜在机制。该研究结果已以论文《Integrated Single Cell and Bulk RNA-Seq Analysis Revealed Immunomodulatory Effects of Uli...
TRUST3和TRUST4从模拟RNA-seq数据中报告的TRB CDR3数量 (c) 以BCR-seq结果为金标准,六个整体RNA-seq样本的精确度和召回率 (d) 通过对SMART-seq数据进行分组创建的伪整体RNA-seq数据上,评估TRUST4和MiXCR组装的全长V、CDR3和J序列。
ssGSEA ，即单样本基因集富集分析（single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA），是GSEA方法的扩展，可以计算每个样本和基因集配对的富集分数。BulkRNA-seq的数据，可以利用ssGESA方法，将单细胞转录组数据中细胞类型marker基因集，计算细胞在bulk-RNA-seq中每个样本的占比。文章应用：Integrated single-cell ...
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因...
图例中的解释为:Uniform manifold approximation and projection (UMAP) of the single cell RNAseq dataset available from with integration of our 11 bulk RNAseq subsets (red diamonds). DN: CD4 CD8 double negative; DP: CD4+ CD8+; P: proliferative; Q: quiescent; T(agonist): agonist selected T ...
今天小编和大家分享一篇22年11月发表在Frontiers in Immunology(IF:8.786)杂志的文章《Identification and validation of a signature based on macrophage cell marker genes to predict recurrent miscarriage by integrated analysis of single-...
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了 bulk RNA Seq 和 single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞 cDC2 分为两个亚型,这两类 DC 细胞主要差异表达 T -bet(一个 T 细胞相关转录因子)和 RORγt(粘膜表面的一种多功能核...
非肿瘤之scRNA-seq和bulk RNA结合思路 近些年,单细胞思路是生信研究热点,非肿瘤的单细胞数据相对较少,因此巧妙地运用单细胞数据,是提高文章质量的关键。今天分享一篇非肿瘤相关的纯生信文章,将Single-cell和Bulk RNA数据相结合,用常规的分析方法,发表在Frontiers in Immunology上,一起来看看吧。
在这项研究中,研究者们先基于传统的组织总RNA(bulk RNA)测序数据确定了参与 IVD变性的特定类型的免疫细胞并筛选了相关的Hub基因;而后通过公共单细胞测序数据(scRNA-seq)分析揭示了 NP细胞簇中Hub基因的表达模式;此外,还收集了一些临床样本探索了Hub基因的预后价值。