单细胞&Bulk RNA差异基因分析数据处理演示及火山图背景音乐:爱上张无忌, 视频播放量 549、弹幕量 0、点赞数 9、投硬币枚数 6、收藏人数 24、转发人数 1, 视频作者 KS科研分享与服务, 作者简介 ,相关视频:Bulk RNA(普通转录组)多组差异基因分析函数,热图展示单细胞多组
4. 单细胞分析再次表明OA滑膜中AA代谢与免疫的相互作用 对单细胞数据进行分析,使用“RunPCA”函数降维,共识别出9个聚类(图5A)。利用“SingleR”功能进行细胞注释,对五种细胞类型(成纤维细胞、巨噬细胞、B细胞、DC细胞和T细胞)进行了注释和可视化(图5B)。 分析5个AMP关键基因在不同细胞类型中的分布和表达,发现与...
单细胞RNA-Seq显示UTI组中骨髓源性抑制细胞(MDSC)扩增 两例接受UTI治疗的患者通过倾向评分与相应的两例对照受试者进行匹配(如图5A)。共采集了103,870个PBMC,并通过了质控(如图4、5),这些PBMC聚类成12种细胞类型,包括MDSC、中性粒...
1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。 4. 数据分析:对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异分析等。 单细胞测序技术...
所以要深入了解SCI后脊髓里的免疫微环境的变化,以及如何调控这些免疫细胞的状态,才能找到最佳的再生策略。这篇文章就是用RNA-seq和单细胞,来分析SCI后脊髓里的免疫基因和免疫细胞的表达和分布,并且找到了一种可能通过改变免疫细胞的极化状态来促进SCI小鼠再生的药物,并且用实验验证了它的有效性。
1)准确、快速地分离单个细胞;2) 从单个细胞中扩增微量RNA;3)提高大规模并行处理的细胞吞吐量,同时降低单独文库准备和测序的预算。4)scRNA-seq方法仅限于多聚腺苷酸mRNA分析,而非多聚腺苷酸RNA物种,包括非编码RNA和RNA修饰,目前的scRNA-seq方法尚未进行探索。5)缺少实验和计算方法的质量控制和标准化的共同...
(RNAseq) 数据检查了 CXCR4 表达与存活以及 MES 标记物表达之间的相关性;接着对公开可用的单细胞的RNA测序 (scRNAseq) 数据进行了细胞类型特异性 CXCR4 表达分析;最后,在24-72小时内将RCAS-PDGFB(1 × 104 个细胞,在 1-2 μL PBS 中)或 RCAS-PDGFB-CXCR4(1 × 105 个细胞)转染的 DF-1 细胞双侧...
2.Bulk RNA-seq& scRNA-seq联合分析有哪些？scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& ...
Bulk2Space是一种基于深度学习框架的空间去卷积算法,该算法使用现有的高质量scRNA-seq数据和空间转录组学作为参考,从bulk RNA-seq中生成空间解析的单细胞表达谱。 Bulk2Space工作流程 Bulk2Space分为去卷积和空间映射两个步骤:首先在聚类空间内生成单细胞转录组数据,以找到一组细胞,其聚合数据与批量数据最接近。接下...
单细胞测序是一种高通量技术能够研究细胞异质性和细胞间相互作用,很多研究正在通过分析肿瘤细胞和免疫细胞相互作用来预测患者对免疫治疗的反应来个性化治疗。所以该研究对从LUAD样本中获得的scRNA-seq和bulk RNA-seq数据进行全面评估,旨在辨别T细胞标记基因并建立预后特征,并通过GEO队列进一步验证该特征的预测能力。