单细胞RNA-Seq显示UTI组中骨髓源性抑制细胞(MDSC)扩增 两例接受UTI治疗的患者通过倾向评分与相应的两例对照受试者进行匹配(如图5A)。共采集了103,870个PBMC,并通过了质控(如图4、5),这些PBMC聚类成12种细胞类型,包括MDSC、中性粒...
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PART 02单细胞测序与Bulk RNA-Seq一致性分析 对相同样本组织进行Bulk RNA-Seq与单细胞测序,可评估单细胞测序结果的准确性。Bernard T.l等采用此方法评估了单细胞测序数据和 Bulk RNA-Seq 数据的表达相关性,结果发现,解离诱导基因 Fos、Jun、Socs3、HSPA1A、HSPA1B 等在两组测序结果中表达量接近,并且单细胞测序...
4. 单细胞分析再次表明OA滑膜中AA代谢与免疫的相互作用 对单细胞数据进行分析,使用“RunPCA”函数降维,共识别出9个聚类(图5A)。利用“SingleR”功能进行细胞注释,对五种细胞类型(成纤维细胞、巨噬细胞、B细胞、DC细胞和T细胞)进行了注释和可视化(图5B)。 分析5个AMP关键基因在不同细胞类型中的分布和表达,发现与...
1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。 4. 数据分析:对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异分析等。 单细胞测序技术...
2.Bulk RNA-seq& scRNA-seq联合分析有哪些？scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& ...
(RNAseq) 数据检查了 CXCR4 表达与存活以及 MES 标记物表达之间的相关性;接着对公开可用的单细胞的RNA测序 (scRNAseq) 数据进行了细胞类型特异性 CXCR4 表达分析;最后,在24-72小时内将RCAS-PDGFB(1 × 104 个细胞,在 1-2 μL PBS 中)或 RCAS-PDGFB-CXCR4(1 × 105 个细胞)转染的 DF-1 细胞双侧...
通过整合单细胞测序和 bulk RNA-seq 分析,我们确定了一个 iCAF 相关特征,该特征将 BCa 患者分为具有不同分子特征的两个亚型。该特征在预测 TCGA-BLCA、GEO-meta 和三个 ICI 治疗队列中的免疫疗法/化疗的预后方面表现出稳健性。随后的分析确定了不良预后、免疫反应受损和 M2 浸润的中枢基因 LOXL2。此外,LOXL2...
背景:目前大多数关于非小细胞肺癌(NSCLC)预后模型构建的研究仅涉及批量RNA-seq数据,而没有整合单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据。此外,大多数预后模型都是由预测基因构建的,忽略了其他预测变量,如临床特征。 方法:从GEO数据库获得scRNA-seq数据,从TCGA数据库获得bulk RNA-seq数据。文中通过 LASSO 和 Cox 回归构建了...