单细胞RNA-Seq显示UTI组中骨髓源性抑制细胞(MDSC)扩增 两例接受UTI治疗的患者通过倾向评分与相应的两例对照受试者进行匹配(如图5A)。共采集了103,870个PBMC,并通过了质控(如图4、5),这些PBMC聚类成12种细胞类型,包括MDSC、中性粒...
4. 单细胞分析再次表明OA滑膜中AA代谢与免疫的相互作用 对单细胞数据进行分析,使用“RunPCA”函数降维,共识别出9个聚类(图5A)。利用“SingleR”功能进行细胞注释,对五种细胞类型(成纤维细胞、巨噬细胞、B细胞、DC细胞和T细胞)进行了注释和可视化(图5B)。 分析5个AMP关键基因在不同细胞类型中的分布和表达,发现与...
PART 02单细胞测序与Bulk RNA-Seq一致性分析 对相同样本组织进行Bulk RNA-Seq与单细胞测序,可评估单细胞测序结果的准确性。Bernard T.l等采用此方法评估了单细胞测序数据和 Bulk RNA-Seq 数据的表达相关性,结果发现,解离诱导基因 Fos、Jun、Socs3、HSPA1A、HSPA1B 等在两组测序结果中表达量接近,并且单细胞测序...
首先,癌症基因组图谱 (TCGA) 中 PN GBM的RNA测序 (RNAseq) 数据和来自内部队列的继发性高级别神经胶质瘤 (HGG) 的 RNA 测序 (RNAseq) 数据检查了 CXCR4 表达与存活以及 MES 标记物表达之间的相关性;接着对公开可用的单细胞的RNA测序 (scRNAseq) 数据进行了细胞类型特异性 CXCR4 表达分析;最后,在24-72小...
1.1 Bulk RNA和Single-cell RNA测序数据获取、处理及差异基因筛选 借助GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ gds/)以“age-related macular degeneration”“AMD”作为检索词,种属选择“human sapiens”,查找下载Bulk RNAseq数据集GSE...
2.Bulk RNA-seq& scRNA-seq联合分析有哪些?scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支,所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证,基于表达模式相关性,利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估,明确单细胞测序分析结果的准确性,或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& ...
1. 胶质母细胞瘤和正常样本的scRNA-seq和细胞分型 对GSE162631数据集中四个GBM和四个正常样本的scRNA-seq数据进行处理与分析,共识别出13个不同的细胞聚类(图1A、B),并鉴定出四种细胞类型(内皮细胞、单核细胞、巨噬细胞和中性粒细胞)(图1C)。通过Find All Markers函数识别不同细胞聚类的标记基因。Fisher’s精确...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。 4. 数据分析:对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异分析等。 单细胞测序技术...