(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
bulk RNA-Seq是最普遍的转录组测序方法,所谓bulk就是我们测的是所有细胞的总RNA(mRNA)取平均值代表每个基因的表达量。 我们从公司得到的原始的下机数据是fastq格式的文件如图 FASTQ Format (Illumina example) 我们拿到原始数据之后首先做数据的质控过滤,常用的软件包括fastp、fastqc。、 首先使用fastqc得到网页版的质量...
bulk在这里特指bulk RNA-seq,也就是正常的RNA-seq 用途是在scRNA-seq里,看不同treatment下有什么差异表达基因。 在scRNA-seq 里想找不同treatment下的differential expression gene常常会用FindMarkers,然后把ident.1和ident.2设置成想对照的两组。 但由于统计方法的原因,以单个细胞为单位的差异表达是一件很难的事...
从题目来看,Scissor利用单细胞数据和bulk RNA-seq数据及表型信息识别与疾病高度相关的细胞亚群。 作者开发Scissor的目的是结合bulk-seq的数据,寻找与某一性状显著相关的单细胞亚群,然后从表型的角度解释这些细胞亚群的生物学意义。作者开发Scissor的动机是由于目前对细胞亚群的分群大多基于scRNA的表达量进行无监督聚类,却鲜...
什么是 bulk 拟时序?(来自上面推文) ❝ 但是在 bulk 转录组中,拟时序的对象不再是细胞,而是基因(严格意义上来说,不清楚这种分析是否也能被称为拟时序分析,在本文中暂且将其称为拟时序分析)。在 bulk 转录组中,一般只有少数样本,最多可能 20-30 个样本点,其分辨率远远达不到单细胞转录组中的几千甚至上万...
单细胞转录组测序:通过单细胞技术,比如单细胞RNA测序(scRNA-seq),可以揭示肿瘤微环境中不同细胞类型的特定基因表达模式,包括肿瘤细胞、成纤维细胞、免疫细胞和血管内皮细胞等 。 基因集分析:基于肿瘤微环境相关的基因集构建预后预测模型,可以识别与疾病结局和治疗反应相关的基因。例如,使用CIBERSORT和ESTIMATE计算免疫评分...
这个是出自于https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/lessons/pseudobulk_DESeq2_scrnaseq.html 如下所示: 文末友情宣传 强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI,多一点数据认知,让他们的科研上一个台阶: 生物信息学马拉松授课(买一得五),你的生物信息学入门课 ...
Google第一个就是官网介绍,可以立马理解Iso-Seq的字面意思了. Iso-Seq 就是 isoform sequencing,中文就是同源异构体测序,其实也是一种 RNA 测序技术. The challeng真核转录组(denovo/resequencing)及案例分析 参考: 转录组文章的常规套路 文章解读:<Science>小麦转录组研究文章 转录组数据饱和度评估方法 Paper这个...
Google第一个就是官网介绍,可以立马理解Iso-Seq的字面意思了. Iso-Seq 就是 isoform sequencing,中文就是同源异构体测序,其实也是一种 RNA 测序技术. The challeng真核转录组(denovo/resequencing)及案例分析 参考: 转录组文章的常规套路 文章解读:<Science>小麦转录组研究文章 转录组数据饱和度评估方法 Paper这个...
单细胞转录组测序:通过单细胞技术,比如单细胞RNA测序(scRNA-seq),可以揭示肿瘤微环境中不同细胞类型的特定基因表达模式,包括肿瘤细胞、成纤维细胞、免疫细胞和血管内皮细胞等 。 基因集分析:基于肿瘤微环境相关的基因集构建预后预测模型,可以识别与疾病结局和治疗反应相关的基因。例如,使用CIBERSORT和ESTIMATE计算免疫评分...