本研究结果显示,中性粒细胞中的雌激素反应受到抑制,这与BulkRNA-seq分析的结果一致,表明大多数中性粒细胞介导的过程在UTI组中受到抑制。 图5 UTI和对照组的单细胞RNA-seq分析。(A)有和无UTI治疗样本的倾向评分匹配的平衡诊断;(B)...
与此同时,基于bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq进行GSEA分析(图4E和F),bulk RNA-seq分析的结果表明,高FeAS GBM样本中自然杀伤细胞增殖、白细胞介素-6介导的信号通路的负调控、高样本中巨噬细胞分化等通路;在低FeAS GBM样本中,谷氨酸分泌的正调控、谷氨酸受体信号通路的调控等通路被激活。在单细胞RNAseq分析中,炎症...
单细胞数据虽然提高了信息挖掘的颗粒度,但是经常比较遗憾的是没有一些的临床信息(如治疗响应、耐药、复发信息等),因此scRNA-seq与bulk RNA-seq联合分析应运而生,既满足临床问题的研究可行性又对齐了颗粒度。 说到scRNA-seq与bulk RNA-seq数据的联合分析,就不得不提及到Scissor这个利器了,该软件于2021年发表在神刊...
bulk RNAseq 是相对于 Single Cell RNAseq 来说的。Single Cell RNAseq(scRNA-seq)是是一项由汤富酬等人在 2009 年首次发表的新技术。文章发表于 Nature Method,测序了 7 个单细胞,两个卵裂球,两个野生型卵子,两个Dicer 敲除的卵 子,一个 Ago2 敲除的卵子。 传统的 bulk RNAseq 进行转录组测序时,样品采样...
虽然RNA-seq这个词通常包含很多不同的RNA相关的方法或生物应用,但DGE分析始终是它的主要应用(表1),并且是DGE研究的常规工具。 RNA-seq的广泛应用促进了对许多生物层面的理解,如揭示了mRNA剪接的复杂性、非编码RNA和增强子RNA调控基因表达的机制。RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析...
研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。
前言 今天来跟大家分享一款非常优秀的桌面级的RNAseq定量软件——kallisto。该软可以同时用于bulk and single-cell RNA-Seq 以及一些常...
双剑合璧：scRNA-seq与bulk RNA-seq联合分析揭示了细胞异质性和衰老研究的新视角。两种技术各有优势：Bulk RNA-seq代表细胞群体，适合大规模研究，而scRNA-seq则能精细捕捉单细胞异质性。2019年Cell上的一项研究通过联合scRNA-seq和bulk RNA-seq，揭示了小鼠和人类树突状细胞的异质性基础，通过比较两种测序...
RNA-seq这个词通常包含很多不同的RNA相关的方法或生物应用,但DGE分析始终是 它的主要应用(表1),并且是DGE研究的常规工具。 RNA-seq的广泛应用促进了对许多生物层面的理解,如揭示了mRNA剪接的复杂性、 非 编码RNA和增强子RNA调控基因表达的机制。RNA-seq的发展和进步一直离不开技 ...
通常,RNA-seq用于由混合细胞组成的样本,称为Bulk RNA-seq,具有多种应用。例如,它可用于表征健康/患病、野生型/突变型或对照/处理样本中组织之间的表达特征,或者在进化研究中,使用不同物种的组织样本的比较转录组学。除了用于转录本定量之外,它还可用于在模式和非模式物种中查找和注释新基因、基因异构体和其他转录本...