smart-seq2技术依赖于C1这个仪器,每次都是96个细胞一起测序,每个细胞的测序量这个综述可能是写错了,应该是1M-10M为佳,不太可能是100-1000个M,最重要的是它是整个RNA分子的全长测序,每个细胞都是独立的测序。 但是10X呢,每次可以测好几千的细胞,每个细胞只需要5-10K的reads,而且仅仅是测RNA分子的一段即可,全部...
价值: 1.Bulk RNA-seq是入门生物信息学的好途径,是学习后续进阶内容(如单细胞RNA-seq和空间RNA-seq)的基础,如果没有接触过Bulk RNA-seq,一开始就去学习单细胞RNA-seq,学习难度和成本会大大增加; 2.Bulk RNA-seq在过去、现在和未来的应用场景:十几年前Bulk RNA-seq刚出现的时候,简单测序和分析就可以发表一篇...
相较于此,单个样品的bulk-RNAseq价格就很便宜了,几百块钱即可,而且测的基因数目很多,所以一般的课题组很轻松就能做几十个样品甚至好几百样品的队列数据,而且在公共数据库里面比比皆是。那么,如果我们把大样品队列的常规转录组项目里面的结论去我们的小样品队列里面去验证,去辅助我们探索表型特异性单细胞亚群就变得...
通过结合bulk RNA数据,构建并验证了T细胞标记基因的预后风险模型。此外,使用CIBERSORT分析了TNBC的免疫浸润细胞,并研究了风险模型和对免疫疗法的反应之间的关联。 主要结果 1. TNBC中的细胞类型分析 GSE176078数据集的scRNA-seq数据在去除低质量细胞、标准化、整合和PCA之后,25932个细胞被分成14个簇(图1B),通过标记...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2287、弹幕量 0、点赞数 91、投硬币枚数 47、收藏人数 354、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
通过整合单细胞测序和 bulk RNA-seq 分析,我们确定了一个 iCAF 相关特征,该特征将 BCa 患者分为具有不同分子特征的两个亚型。该特征在预测 TCGA-BLCA、GEO-meta 和三个 ICI 治疗队列中的免疫疗法/化疗的预后方面表现出稳健性。随后的分析确定了不良预后、免疫反应受损和 M2 浸润的中枢基因 LOXL2。此外,LOXL2...
bulk RNA-seq 实验中差异表达的基因代表条件之间大细胞聚集体中总表达水平的变化。因此,条件之间的表达倍增是重要且有意义的,因为它告诉我,在一种条件下表达基因 A 的细胞大约是另一种条件下表达基因 A 的细胞的两倍。对于单细胞“差异表达”,大多数时候我真正想知道的是哪些基因在一组细胞中表达,而在其他任何地...
在完成了bulk RNA-seq数据质控与差异分析后,通过设置不同的阈值,我们获得的差异基因数量可能从几个到上千个不等。 bulk RNA-seq | 下游分析 | 分析前评估 bulk RNA-seq | 下游分析 | 差异分析 DESeq2 bulk RNA-seq | 下游分析 | 差异分析 DESeq2-补1-统计结果缺失值 ...
在文章《RNA-Seq—特应性皮炎分子机制研究的利器》中,对RNA-Seq在特异性皮炎分子机制研究中的作用进行了详细的阐述,可全面分析组织、血液、石蜡包埋切片(FFPE)等样本的mRNA表达情况,探究特异性皮炎(AD)的发病机制,尤其是相关免疫和炎症通路,如Th1、Th2、Th17、Th22细胞极化过程等。