Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics 需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;非常消耗运存和内存,一般情况下需要利用服务器做...
今天帮一个师妹做bulk-RNAseq的比对,她本次测序有25个样本,每个样本单独一个文件夹,内含 “_1.fastq”和“_2.fastq”两个文件。所以一共是50个fastq文件。 问题来了:针对大量fastq文件,如何做批量下载与比对?花了大概4个小时,帮她搞定,拿到了counts文件。 具体方案如下: 1.数据转移到服务器 本次测序数据由...
Bowtie2对短读长数据(50-100bp)比对非常高效,支持局部(local)和全局(global)比对模式,可以用于ChIP-seq、DNA-seq以及小 RNA-seq。HISAT2 专门用于处理 RNA-seq 数据;适合长读长数据,优化了比对长读长(例如 100-300bp)的能力,同时也可以高效处理基因组中的剪接事件。所以我们这里使用Hisat2进行比对 #需要准备...
与往期类似,我进入CellPress官网,在部分期刊中对近5年基于RNA-seq的GO富集图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,最后汇总出下面一张图: 二、为什么要用GO富集图(使用GO富集图的常见目的)? 我们在处理Bulk RNA-seq数据的时候,很多情况下,通过组间比较得到的差异基因是很多的(可能多达上百或者上千个)。举个例子,...
今天我们来讲一讲bulk转录组测序的数据清洗部分。 RNA-Seq是技术相对更成熟,应用最广泛,最适合生物信息学人门的方向。bulk RNA-Seq是最普遍的转录组测序方法,所谓bulk就是我们测的是所有细胞的总RNA(mRNA)取平均值代表每个基因的表达量。 我们从公司得到的原始的下机数据是fastq格式的文件如图 ...
scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& scRNA-seq有哪些？在文章中是如何应用的？No.1...
本系列推送旨在带领生信零基础的科研人一起掌握Bulk RNA-seq数据分析,同时为其他Bulk组学和单细胞(核)转录组测序的数据分析奠定基础。 往期回顾: 第1期. 快2024年了,还有必要学习Bulk RNA-seq? 第2期. 零基础画PCA图 第3期. Bulk RNA-seq | 第3期. 基因ID转换,一键搞定 ...
(1) 研究通过scRNA-Seq数据表征了来自卵巢癌腹水CAFs与癌细胞之间的相互作用和细胞传出与传入信号。 (2) 之后用bulk RNA-Seq数据分析了上述找到的关键PI3K-AKT通路相关基因的表达模式,确认是CAFs释放的信号分子激活了肿瘤细胞中的PI3K-AKT通路。 (3) 最后通过TCGA和GTEx数据库证实了PI3K-AKT通路的一组配体和受体的...
单细胞数据,可以是scATAC-seq或者scRNA-seq数据; 其次是对应组织的Bulk RNA-seq数据,以及表型数据。 (B)然后,scAB基于单细胞和Bulk RNA-seq数据计算单个细胞和Bulk样本之间的成对的 Pearson 相关性,生成相似性矩阵。通过对单个细胞和bulk数据的每个样本之间的相似性矩阵进行知识和图形引导的矩阵分解,揭示了一组细胞分...
研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。