红色(或蓝色)边表示,与对照相比,UTI中增加(或减少)的信号;(C)热图显示对照组和UTI组之间的细胞间通讯网络中交互的差异数量或交互强度,红色表示:与对照相比,UTI组中的信号增加,顶部彩色条形图表示热图中显示的值列的总和,右侧彩色条...
现在纯生信文章还能发吗?当然可以!这篇文章零实验,scRNA-seq与bulk RNA-seq联 合分析,两种测序结果相互印证,轻松发7分+文章!关注起来,布小谷这里有很多生信热点等你来哦,手把手教你如何轻松上手生信文章!肿瘤相关成纤维细胞(CAF)在癌症进展中起重要作用,人们对C
研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。 03 结果简述 3.1 数据来源 1.AD患者和正常...
肿瘤学:研究肿瘤内异质性和细胞亚克隆。 4. 技术: scRNA-seq:单细胞RNA测序,用于分析单个细胞的转录组。 scDNA-seq:单细胞DNA测序,用于分析单个细胞的基因组。 5. 优缺点: 优点:提供高分辨率的单细胞信息,可以解析细胞异质性。 缺点:成本较高,数据处理相对复杂,对样本数量和细胞数量要求高。 批量测序: 1. ...
scRNA-seq数据分析:首先通过scRNA-seq数据分析,关注特定生物学过程(如氧化应激、缺氧、氨基酸代谢等)相关基因在不同细胞群间的表达异质性。这一步能够识别出在特定条件下具有独特表达模式的基因和细胞群。 bulk RNA数据分析:接着,使用bulk RNA测序数据进一步筛选这些特定条件下差异表达的基因,并探究其可能的转录因子调...
随着测序技术的快速发展,Bulk RNA-seq已经广泛地应用于转录组分析。新近发表的方法和工具可以对转录组数据进行更深入的挖掘,尤其是交互式和在线的工具为数据分析提供了更加便利的选择。为满足同学们在科学研究中的各种需求,基因测序与分析平台现举办Bulk RNA-...
bulk RNA-seq 实验中差异表达的基因代表条件之间大细胞聚集体中总表达水平的变化。因此,条件之间的表达倍增是重要且有意义的,因为它告诉我,在一种条件下表达基因 A 的细胞大约是另一种条件下表达基因 A 的细胞的两倍。对于单细胞“差异表达”,大多数时候我真正想知道的是哪些基因在一组细胞中表达,而在其他任何地...
Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;非常消耗运存和内存,一般情况下需要利用服务器做比对...
Bulk RNA-seq 和 single cell RNA-seq 的主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而 bulk 测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行 Bulk RNA-seq 和...
在该研究中,作者分别计算了TNBC患者bulk RNA-seq数据集中myCAF、iCAF、dPVL和imPVL簇的signature平均表达与CTL水平的相关性,结果发现,dPVL细胞是唯一与CTL水平显著…