红色(或蓝色)边表示,与对照相比,UTI中增加(或减少)的信号;(C)热图显示对照组和UTI组之间的细胞间通讯网络中交互的差异数量或交互强度,红色表示:与对照相比,UTI组中的信号增加,顶部彩色条形图表示热图中显示的值列的总和,右侧彩色条...
(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2287、弹幕量 0、点赞数 91、投硬币枚数 47、收藏人数 354、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。 03 结果简述 3.1 数据来源 1.AD患者和正常...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
RNA-Seq是技术相对更成熟,应用最广泛,最适合生物信息学人门的方向。bulk RNA-Seq是最普遍的转录组测序方法,所谓bulk就是我们测的是所有细胞的总RNA(mRNA)取平均值代表每个基因的表达量。 我们从公司得到的原始的下机数据是fastq格式的文件如图 FASTQ Format (Illumina example) ...
RNA-seq:用于测定细胞或组织中RNA的相对丰度,从而了解基因表达水平。 5. 优缺点: 优点:成本相对较低,数据处理相对简单,适用于已知细胞群体的研究。 缺点:无法提供单个细胞水平的信息,无法解析细胞异质性。 如何选择: 研究目的:根据研究问题和目的选择合适的测序方法,如果需要了解单个细胞之间的差异,选择单细胞测序;如...
1.Bulk RNA-seq是入门生物信息学的好途径,是学习后续进阶内容(如单细胞RNA-seq和空间RNA-seq)的基础,如果没有接触过Bulk RNA-seq,一开始就去学习单细胞RNA-seq,学习难度和成本会大大增加; 2.Bulk RNA-seq在过去、现在和未来的应用场景:十几年前Bulk RNA-seq刚出现的时候,简单测序和分析就可以发表一篇令人满意...
PART 05 利用单细胞数据注释进行Bulk RNA-Seq的细胞组成分析 参考文献 前言 在文章《RNA-Seq—特应性皮炎分子机制研究的利器》中,对RNA-Seq在特异性皮炎分子机制研究中的作用进行了详细的阐述,可全面分析组织、血液、石蜡包埋切片(FFPE)等样本的mRNA表达情况,探究特异性皮炎(AD)的发病机制,尤其是相关免疫和炎症通路...