众所周知,RNAseq可以分为Bulk-RNAseq与scRNAseq。Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics 需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;...
今天帮一个师妹做bulk-RNAseq的比对,她本次测序有25个样本,每个样本单独一个文件夹,内含 “_1.fastq”和“_2.fastq”两个文件。所以一共是50个fastq文件。 问题来了:针对大量fastq文件,如何做批量下载与比对?花了大概4个小时,帮她搞定,拿到了counts文件。 具体方案如下: 1.数据转移到服务器 本次测序数据由...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2287、弹幕量 0、点赞数 91、投硬币枚数 47、收藏人数 354、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
综合单细胞RNA-seq和BulkRNA-seq分析对UTI在脓毒症中的潜在机制进行探索(如图1)。 图1 Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq综合分析示意图 研究结果 基线数据中,相比对照组UTI组SOFA评分[中位数(Q1,Q3):7(6-13)vs. 7(5-8);p=...
单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，但是成本较高，测序深度较低；而BulkRNA-seq虽然掩盖了部分细胞表达特征，但是成本较低，技术成熟、通量高。所以，两个组学虽然同为转录组学研究，但是在样本解析和数据分析层面存在差异，并且具有很强的互补性。因此，Bulk ...
RNA-seq 数据包含组织或外周血单核细胞 (PBMC) 中表达的 TCR 和 BCR 序列,由于来自 V(D)J 重组和 SHM 的库序列与种系不同,它们通常在读取映射步骤中被消除。所以可用RNA-seq 来重构免疫组库数据。如图1 a, 首先TRUST4 支持从 FASTQ 或 BAM 文件中快速提取 TCR/BCR 候选reads; 然后TRUST4 按丰度对候选...
利用scRNA-seq提供的分辨率来识别与ICI反应相关的免疫细胞状态,并利用bulk RNA-seq数据集的较大样本量加以验证。作者阐述了转录因子(TF)引导基因网络的标志物,可以表征与免疫治疗应答相关的细胞状态,并识别可能从ICI治疗中获得临床益处的患者。探索了这些细胞状态之间的依赖关系,并在单核细胞系细胞(MLCs)和耗竭T细胞之间...
scRNA-seq不仅可以系统地测量肿瘤中存在的细胞类型,还可以测量它们的基因表达状态。尽管scRNA-seq提供了正确的数据模式,但目前的研究还没有足够大的样本量来解决这些问题。除此之外,虽然可用的bulk RNA-seq数据集可达上千个,但它们只能提供关于各种恶性肿瘤中整个细胞环境中少量的信息。本文利用了两种基因组资源,开发了...
1.3Hisat2:Hisat2 是一种快速灵敏的比对程序,用于将下一代测序读数(DNA 和 RNA)映射到人类基因组群以及单个参考基因组,主要用于RNA-seq数据。 这里我选择hisat2做比对数据处理。 2.参考序列的准备 2.1需要准备三个文件: 基因组序列(genome.fa) 基因注释文件(genes.gtf) ...
Scissor发表在2022年Nature Biotechnology上,题为《Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data》。从题目来看,Scissor利用单细胞数据和bulk RNA-seq数据及表型信息识别与疾病高度相关的细胞亚群。 作者开发Scissor的目的是结合bulk-seq的数据,寻找与某一性状显著相关的...