众所周知,RNAseq可以分为Bulk-RNAseq与scRNAseq。Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics 需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;...
今天帮一个师妹做bulk-RNAseq的比对,她本次测序有25个样本,每个样本单独一个文件夹,内含 “_1.fastq”和“_2.fastq”两个文件。所以一共是50个fastq文件。 问题来了:针对大量fastq文件,如何做批量下载与比对?花了大概4个小时,帮她搞定,拿到了counts文件。 具体方案如下: 1.数据转移到服务器 本次测序数据由...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2479、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 367、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
METAFlux可以根据bulk RNA-seq和scRNA-seq数据预测癌症代谢通量,以解决这些分析空白。METAFlux能够以nutrient-aware的方式使用癌症基因表达数据来表征整个代谢回路并输出non-degenerative通量。对于scRNA-seq 数据,METAFlux还检查TME中细胞类型之间的代谢异质性和相互作用。 METAFlux工作流程 METAFlux的性能测试 开发团队利用细胞系...
首先通过scRNA-seq数据中的聚类分析来鉴定参与HF的髓系细胞,以识别细胞类型,比较不同组之间的细胞组分,并使用大量RNA-seq数据进行基因集富集分析(GSEA)。 然后,分析了各组骨髓细胞的差异表达,并使用Metascape探索了这些基因在差异表达中的功能。 对细胞相互作用的进一步分析表明,MIF信号通路中的分子在HF中显着上调,并...
在帮师妹处理bulk-RNAseq数据时，面临了大量fastq文件的下载与比对任务。数据由诺禾致源公司提供，并通过诺禾云交付平台分发。为解决数据传输问题，我们尝试了两种方法：第一种是下载到本地后再上传至服务器，这种方式虽然操作流程明确，但耗时较长；第二种则是利用lnd客户端直接下载至服务器，整体过程更...
单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，但是成本较高，测序深度较低；而BulkRNA-seq虽然掩盖了部分细胞表达特征，但是成本较低，技术成熟、通量高。所以，两个组学虽然同为转录组学研究，但是在样本解析和数据分析层面存在差异，并且具有很强的互补性。因此，Bulk ...
单细胞+bulk RNA-seq + WGCNA联合分析,外加肿瘤微环境新切入点“内皮细胞”,不蹭热点也能轻松发文! 2688 -- 4:55 App 铁死亡非肿瘤疾病生信新思路——利用动物和细胞模型公共数据做分析,纯生信就能发到7分+,你想不想试试? 513 -- 10:22 App 最新发表肿瘤微环境相关7分+!!!单基因分析+干湿结合,双管齐...
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
Scissor发表在2022年Nature Biotechnology上,题为《Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data》。从题目来看,Scissor利用单细胞数据和bulk RNA-seq数据及表型信息识别与疾病高度相关的细胞亚群。 作者开发Scissor的目的是结合bulk-seq的数据,寻找与某一性状显著相关的...