本质就是研究DNA-protein互作,通过特异性抗体抓蛋白,对互作的DNA测序。 参考: hbctraining/Intro-to-ChIPseq ChIP-Seq上游数据处理一网打尽2023更新版 跟Cut&Run可以共享流程,主要差别就是rmDup、call peak时一定要用control,去掉背景噪音。 关于reads rm dup 照着教程里的分析,换成了samtools markdup,结果几乎所有...
主要包括三个子步骤:mapping ---→ sam2bam ---→ featurecount 如下列出了常见的比对软件的用法,包括hisat2、star、bowtie2、bwa以及salmon 比对软件的命令调用均主要包括四大类参数:指定索引文件、参考基因组、pair fatsq.gz文件、以及线程数 3.1 以其中一对fatsq.gz文件为例,总结各个比对软件的用法 conda ac...
试图找出哪些基因在不同条件下“不同”,这可能是任何人想要进行 bulk RNA-seq 实验的第一件事。 当我们说“不同”时,实际上是指哪些基因在表达上的差异大于随机统计波动所预期的差异。这种变化的大小通常表示为条件之间标准化表达值的对数倍变化,并且统计波动采用负二项式分布进行参数化。用于处理 bulk RNA-seq(例...
简单的工作流程即可量化基因水平的RNA丰度并检测大量RNAseq样品中的差异表达基因(DEG)。 管道使用kallisto量化笔录级别的丰度,并使用DESeq2标准化计数和检测DEG。 安装 安装Anaconda或Miniconda,然后conda install snakemake 从下载适当的kallisto参考或自行构建
经过蛋白质网络互作分析(PPI教程:String:不仅仅是一个PPI分析平台.),作者筛选出了一些核心基因用于下游的生存分析,并发现了显著的差异。 为了验证PKP1在bulk RNA-Seq的详细分布信息,作者挖掘了鼻咽癌scRNA-Seq数据,发现PKP1在上皮细胞中表达并通过免疫组化的方式加以验证(又是Biomamba羡慕的,好想要临床样本): 紧接...
Snakemake中的基本散装RNA-seq管线 目录 描述 该存储库包含两种基本形式的基本批量RNA-seq管道的演示,即Snakemake (在workflow/目录中)和bash脚本(在bash_workflow/目录中)。 这两个工作流程执行相同的分析,但是Snakemake管道更加健壮和推荐,尽管目前还不够完善。 这个Snakemake管道是作为教程的一部分而创建的,因此避免...
订阅 专栏介绍 已更内容 专栏作者 萌态齐 知乎影响力 获得19 次赞同 · 25 次喜欢 · 74 次收藏 已更内容 · 1 RNA-seq转录组数据上游分析 RNA-seq转录组数据上游分析主要参考视频RNA-seq转录组数据分析入门实战01-Linux操作技巧主要参考推文合集Linux (qq.com)本教程使用了生信技能树的服务器,个人体验很不错...
write.table(exp,"matrix.txt",row.names=F,quote=F,sep="\t")write.table(tumor,"tumor.txt",row.names=F,quote=F,sep="\t")write.table(normol,"normol.txt",row.names=F,quote=F,sep="\t") 看到这里各位小伙伴可以在视频里给个三连嘛~ 视频教程 毕竟没有人看可能就不想做了!
最近好几个小伙伴都在用我们之前的一个bulk RNA多组差异分析函数(重启之普通R转录组分析(3):写一个通用的Deseq2多组差异分析函数),有些小问题,或者说一些功能不完善。所以我们这次进行了升级和优化。首先将bulk差异分析3大包DEseq2 edgeR limma都纳入进来了。第二,让您的分析更加简单,不用担心复杂的代码和分组...
经过蛋白质网络互作分析( PPI教程:String:不仅仅是一个PPI分析平台.),作者筛选出了一些核心基因用于下游的生存分析,并发现了显著的差异。 为了验证PKP1在bulk RNA-Seq的详细分布信息,作者挖掘了鼻咽癌scRNA-Seq数据,发现PKP1在上皮细胞中表达并通过免疫组化的方式加以验证(又是Biomamba羡慕的,好想要临床样本): ...