准备初始数据放在RNA-Seq目录下,命名为`1.rawdata`。 cd ~ mkdir RNA-seq cd RNA-seq 2、FastQC FastQC是一款基于Java的软件,它可以快速地对测序数据进行质量评估。 FastQC会生成一个html结果报告,下载到本地查看即可。 FastQC有3种结果:绿色代表PASS;黄色代表WARN;红色代表FAIL。当出现黄色时说明需要查看结果。
我认为用R下载TCGA上数据是最方便的,只是其中需要明确参数设置 (比如project, workflow.type等),才能正确地下载到满足自己需求的数据。 以下附上我使用的代码,用来下载TCGA上的GBM bulk RNA-seq数据。除此以外,中国脑胶质瘤基因组图谱(http://www.cgga.org.cn/download.jsp)也有提供GBM的bulk RNA-seq以及对应病...
以下结果为文章中使用的人脑RNA序列数据的分析结果,目的是为了验证swCAM软件工具在生物医学的效用。 基因表达定量、差异与通路分析(共表达分析) 通过如下方法,获得Sest矩阵,即为该算法分析得到关于样本内每个亚群的基因表达矩阵 # 进入开源项目目录下 rm(list=ls()) library(gtools) library(nnls) library(MASS) lib...
首先来看一下如何使用kallisto来做常规RNAseq的定量,只需两步即可,第一步是构建比对参考基因组(该步骤只需做一次,后面可以直接使用),第二步就是定量(该软件无需单独做一次比对,而是直接将reads比对后定量出结果,在步骤上一气呵成)。下面来看看具体的代码示例: 构建比对参考基因组index 你可以自己准备好参...
METAFlux可以根据bulk RNA-seq和scRNA-seq数据预测癌症代谢通量,以解决这些分析空白。METAFlux能够以nutrient-aware的方式使用癌症基因表达数据来表征整个代谢回路并输出non-degenerative通量。对于scRNA-seq 数据,METAFlux还检查TME中细胞类型之间的代谢异质性和相互作用。
视频中的代码直接共享给大家 (1)perl脚本 use strict;#use warnings;use File::Copy;my $newDir="files";unless(-d $newDir){mkdir $newDir or die $!;}opendir(RD,".")or die $!;my @allFiles=readdir(RD);closedir(RD);foreach my$subDir(@allFiles){nextif($subDir eq'.');nextif($subDir...
代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 count_file="data/count.csv"counts_df=pd.read_csv(count_file,index_col=0).Tcounts_df.head().iloc[:,range(10)] 注意:读入的数据进行转置,是因为使用pydeseq2包进行分析时,count矩阵需要的是行为样本,列为基因名称,和R语言中的DESeq2包...
MuSiC主要利用不同细胞类型的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,挖掘其中的特异性基因,进而通过反卷机算法表征复杂组织中bulk RNA-seq的细胞类型组成。,原理示意图如下: MusiC通过R语言实现,安装代码如下: install.packages('devtools')devtools::install_github('xuranw/MuSiC')library(MuSiC) ...
CellNet是一个基于网络生物学的计算平台,用于评估细胞工程的保真度,并生成用于改进细胞衍生的假设。CellNet基于细胞类型特异性基因调控网络(GRN)的重建,有16种小鼠和16种人类细胞和组织类型的公开RNA-Seq数据进行重建。 简单过一下CellNet,目前,有两种方法可以运行CellNet获取RNA-Seq数据。作者提供了云平台和本地运行两...