(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
bulk RNA-seq | 下游分析 | 基因集富集分析 GSEA- clusterProfilermp.weixin.qq.com/s/Ky6ig9fTp6YdcgQ8ohxN1g 参考文章:bulk RNA-seq | 下游分析 | 基因集富集分析 GSEA- clusterProfiler参考文章: 1、科研小白要知道:新版TCGA数据分析实战——富集分析可视化,GO、KEGG、Reactome、Do、MSigDB的GSEA富集分析...
普通转录组测序（Bulk RNA-seq）是提取组织、器官、群细胞的TotalRNA进行测序，得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平，用来比较不同组织间的表达差异，但对内部细胞异质性较强的系统很多异常基因表达的信息会出现丢失。单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，但...
Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics 需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;非常消耗运存和内存,一般情况下需要利用服务器做...
由于bulk RNA-seq的本质就是细胞的表达量数据,所以我们可以将scRNA-seq的亚群与bulk RNA的样本放在一起进行两组学的相关性分析,如果相关性越高,说明scRNA-seq与bulk RNA-seq越具有相似性,说明可以用scRNA-seq进行单细胞分辨率的数据挖掘,为单细胞数据能够反映细胞特征的分辨率做可靠性验证。同时也可以根据亚群和bulk...
scRNA-seq和bulk RNA-seq 揭示与浆液性卵巢癌中较差总生存率相关的配受体。 研究背景: 浆液性卵巢癌是妇科肿瘤中死亡的主要原因,本研究全面揭示了肿瘤微环境中癌症相关的成纤维细胞(CAFs)和癌细胞之间的串扰,确定介导细胞通讯和干扰通路的关键配受体。
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2573、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 372、转发人数 31, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
Bulk RNA-seq技术原理: 1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。 4. 数据分析:对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异...
RNA-seq reads 分布 小云爱生信 382 0 第三讲 | R语言-R语言与Rstudio安装【寻因生物单细胞生信分析培训】 寻因生物 1038 1 刚确诊就进入生命倒计时!这类罕见病有多可怕? Z7正版老鸽 4.6万 142 第二期 | 创造10年无癌传奇的CAR-T疗法未来将走向何方?【单细胞很忙】 寻因生物 144 0 展开 ...
综上所述,研究团队开发了基于决策树ML的Kassandra算法,使用批量RNA-seq重建肿瘤活检和血液中的细胞组成,并收集了一个包含不同细胞群9,400多个分类样本的RNA-seq数据库,用于创建人工转录组以训练、开发Kassandra。基于其独特的RNA特征,Kassandra算法可应用于不同细胞类型,可使人们更好、更全面地了解仅含RNA-seq数据的档...