(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
在完成了bulk RNA-seq数据质控与差异分析后,通过设置不同的阈值,我们获得的差异基因数量可能从几个到上千个不等。 bulk RNA-seq | 下游分析 | 分析前评估 bulk RNA-seq | 下游分析 | 差异分析 DESeq2 bulk RNA-seq | 下游分析 | 差异分析 DESeq2-补1-统计结果缺失值 一方面,大家不是计算机,确实很难记...
bulk RNA-seq | 下游分析 | 分析前评估mp.weixin.qq.com/s/JiT3QB2JjZwrJjvAIiGxmw 大家做完转录组上游分析,获得了表达矩阵、开始自由分析前,为了避免做无用功,分析前的评估是必不可少的。生信技能树反复强调至少需要三张图: 热图:说明不同分组之间很多基因表达量是有明显差异的; PCA图:说明分组存在非常...
综上所述,研究团队开发了基于决策树ML的Kassandra算法,使用批量RNA-seq重建肿瘤活检和血液中的细胞组成,并收集了一个包含不同细胞群9,400多个分类样本的RNA-seq数据库,用于创建人工转录组以训练、开发Kassandra。基于其独特的RNA特征,Kassandra算法可应用于不同细胞类型,可使人们更好、更全面地了解仅含RNA-seq数据的档...
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
简介Bulk RNA-seq是目前普遍应用于转录组研究的技术手段。为满足同学们在科研方面的需求,并针对普遍存在的问题,基因测序与分析平台现举办Bulk RNA-seq数据分析培训。欢迎同学们报名参加。 培训内容:1. Bulk RNA-seq实验设计;2. Bulk RN...
流式或LCM样本具体是对某个细胞类型或者亚型区域的样本进行普通转录组测序(bulk RNA-seq),所以该方法得到的测序数据就是代表单个细胞类型或者组织区域的基因表达特征数据,所以普通转录组与单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据的关联分析主要就是结果的相互验证和双维度的诠释细胞/基因的表达机制。
普通转录组测序（Bulk RNA-seq）是提取组织、器官、群细胞的TotalRNA进行测序，得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平，用来比较不同组织间的表达差异，但对内部细胞异质性较强的系统很多异常基因表达的信息会出现丢失。单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，...
1.Bulk RNA-seq是入门生物信息学的好途径,是学习后续进阶内容(如单细胞RNA-seq和空间RNA-seq)的基础,如果没有接触过Bulk RNA-seq,一开始就去学习单细胞RNA-seq,学习难度和成本会大大增加; 2.Bulk RNA-seq在过去、现在和未来的应用场景:十几年前Bulk RNA-seq刚出现的时候,简单测序和分析就可以发表一篇令人满意...