对illumina数据进行处理,利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点,或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据,通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备: 数据下载: Humangenome(GRCh38/hg3):Index of /goldenPath/hg38/chromosomes (ucs...
经过蛋白质网络互作分析( PPI教程:String:不仅仅是一个PPI分析平台.),作者筛选出了一些核心基因用于下游的生存分析,并发现了显著的差异。 为了验证PKP1在bulk RNA-Seq的详细分布信息,作者挖掘了鼻咽癌scRNA-Seq数据,发现PKP1在上皮细胞中表达并通过免疫组化的方式加以验证(又是Biomamba羡慕的,好想要临床样本): 紧...
cd ~ mkdir RNA-seq cd RNA-seq 2、FastQC FastQC是一款基于Java的软件,它可以快速地对测序数据进行质量评估。 FastQC会生成一个html结果报告,下载到本地查看即可。 FastQC有3种结果:绿色代表PASS;黄色代表WARN;红色代表FAIL。当出现黄色时说明需要查看结果。 mkdir 2.fastQC inputData_dir="/RNA-seq/1.rawdat...
为了探索差异基因的免疫作用,作者通过整合来自三阴性乳腺癌的单细胞和bulk RNA-seq数据,最终确定了106个与免疫过程相关的关键lncRNAs和mRNAs。 图2、鉴定三阴性乳腺癌肿瘤细胞和特殊的分化状态 此外,基于LASSO-COX预后模型,作者系统地鉴定了与三阴性乳腺癌生存率显著相关的5个lncRNAs和6个mRNAs.免疫相关的11 个lncRNA...
英文标题:Comprehensive analysis of macrophage-related genes in prostate cancer by integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 期刊:Aging (Albany NY). 2024 Apr 24:16. 影响因子:2区5.2 DOI: 10.18632/aging.205727 研究领域:单细胞 文献概述 背景:前列腺癌(PCa)是西方国家男性中最普遍的肿...
Bulk2Space是一种基于深度学习框架的空间去卷积算法,该算法使用现有的高质量scRNA-seq数据和空间转录组学作为参考,从bulk RNA-seq中生成空间解析的单细胞表达谱。 Bulk2Space工作流程 Bulk2Space分为去卷积和空间映射两个步骤:首先在聚类空间内生成单细胞转录组数据,以找到一组细胞,其聚合数据与批量数据最接近。接下...
进入CellPress官网后(https://www.cell.com/),我在部分期刊中对近5年基于RNA-seq的GSVA富集图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,最后汇总出下面一张图: 可以看出,GSVA最终的呈现形式与分析差异基因的呈现形式类似,可以理解为分析差异基因集!可视化形式多样化,涉及热图、火山图、气泡图、条形图、柱状图等。
昨天老师发给我一篇生信女神Shirley Liu的文章,看了里面的内容之后感觉很兴奋～它可以不做免疫组测序,直接从Bulk RNA-seq或者scRNA-seq里面重构得到免疫组的信息。 中文翻译 文章要点 Although less sensitive than TCR-seq and BCR-seq, TRUST is able to identify the abundantly expressed and potentiallymore clonal...
The diagnostic efficacy of them was evaluated by GSEA analysis, receiver operating characteristic (ROC) curve, single-cell RNA sequencing and the Nephroseq ... Y Chen,Z Wu - 《Nephrology Dialysis Transplantation》 被引量: 0发表: 2024年 High-throughput sequencing analysis of differential microRNA ...
an integrative analysis of 34 scRNA-Seq datasets, which consisted of 345 patients and 663,760 cells across 17 cancer types 作者使用的都是已发表数据 Sth to learn: 利用一种细胞干性去和免疫治疗联合分析,主要在于用单细胞发现这个现象,剩下用bulk数据验证。