cd ~ mkdir RNA-seq cd RNA-seq 2、FastQC FastQC是一款基于Java的软件,它可以快速地对测序数据进行质量评估。 FastQC会生成一个html结果报告,下载到本地查看即可。 FastQC有3种结果:绿色代表PASS;黄色代表WARN;红色代表FAIL。当出现黄色时说明需要查看结果。 mkdir 2.fastQC inputData_dir="/RNA-seq/1.rawdat...
进入CellPress官网后(https://www.cell.com/),我在部分期刊中对近5年基于RNA-seq的GSVA富集图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,最后汇总出下面一张图: 可以看出,GSVA最终的呈现形式与分析差异基因的呈现形式类似,可以理解为分析差异基因集!可视化形式多样化,涉及热图、火山图、气泡图、条形图、柱状图等。 三、GSV...
Bulk RNA-Seq转录组学习 与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-seq基础入门传送门 资料:RNA-seq Data Analysis-A Practical Approach(2015) Bioinformatic Data Skill biostar handbook A survey of best practices for RNA-seq...
今天给大家介绍的就是这篇发表在《Frontiers in Genetics》上题为"Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the interaction of PKP1 and tumor-infiltrating B cells and their therapeutic potential for nasopharyngeal carcinoma"的文章,IF=4.8。作者在文章的Acknowledgement也是对我们进行了...
题目:Integrative Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals Cell Types Involved in Heart Failure期刊:Front Bioeng Biotechnol.(Q1 IF:5.7) 日期:05/January/2022 DOI:https://doi.org/10.3389/fbioe.2021.779225 心力衰竭(HF)是一种慢性进行性综合症,死亡率很高。HF是一种严重的心功能障...
Bulk RNA-Seq转录组学习 与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-seq基础入门传送门 资料:RNA-seq Data Analysis-A Practical Approach(2015) Bioinformatic Data Skill biostar handbook A survey of best practices for RNA-seq...
英文标题:Comprehensive analysis of macrophage-related genes in prostate cancer by integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 期刊:Aging (Albany NY). 2024 Apr 24:16. 影响因子:2区5.2 DOI: 10.18632/aging.205727 研究领域:单细胞 文献概述 背景:前列腺癌(PCa)是西方国家男性中最普遍的肿...
昨天老师发给我一篇生信女神Shirley Liu的文章,看了里面的内容之后感觉很兴奋～它可以不做免疫组测序,直接从Bulk RNA-seq或者scRNA-seq里面重构得到免疫组的信息。 中文翻译 文章要点 Although less sensitive than TCR-seq and BCR-seq, TRUST is able to identify the abundantly expressed and potentiallymore clonal...
an integrative analysis of 34 scRNA-Seq datasets, which consisted of 345 patients and 663,760 cells across 17 cancer types 作者使用的都是已发表数据 Sth to learn: 利用一种细胞干性去和免疫治疗联合分析,主要在于用单细胞发现这个现象,剩下用bulk数据验证。
再者说,scRNA-seq比Bulk RNA-Seq更加的稀疏,将前者模拟为后者参与差异计算,其实也没那么科学。当然,审稿人的观点也不是全无道理,若能够通过不同的算法得到相同的差异基因结果,的确有较高的说服力。 二、pseudo-bulk差异分析走起 测试文件可以自行下载: