为了更好演示,这里采用与之前bulk RNA-seq | 下游分析 | 差异分析 DESeq2中不同的演示数据。从TCGA-COAD、GTEx各随机抽取5个样本,未去批次、未执行任何分析前过滤。不去批次的数据,GAPDH差异显著,你还敢用吗? DEG[c("GAPDH","KRAS","TP53","A2ML1-AS1","A2ML1-AS2","AA06", "ACTL8","AFAP1-AS1"...
(4)差异分析 7、通路富集分析 需要具体查看原始数据来源于什么研究的可以参考以下链接: github.com/griffithlab/ 1、预备工作 准备初始数据放在RNA-Seq目录下,命名为`1.rawdata`。 cd ~ mkdir RNA-seq cd RNA-seq 2、FastQC FastQC是一款基于Java的软件,它可以快速地对测序数据进行质量评估。 FastQC会生成一个...
上一期我们探讨了Bulk RNA-seq的价值和学习成本(第1期. 快2024年了,还有必要学习Bulk RNA-seq?),如果你认可了学习Bulk RNA-seq分析的必要性,那我们就一起来开始零基础学习之旅。今天的任务是主成分分析(PCA)图,如果时间紧,可以简单看看整体的分析流程;如果有时间,可以跟着我们的代码和数据,一起练习。 话不多...
差异表达分析用于比较两个样本中同一个基因的的表达量是否存在差异。用到的统计方法是假设检验,所以样本需要重复。常用的软件包括DESeq2、edgeR,这里推荐使用trinity软件包的一个程序run_DE_analysis.pl,安装方法:conda install trinity run_DE_analysis.pl #!/usr/bin/env perlusestrict;usewarnings;useCarp;useGeto...
这一期我们来讲讲富集分析。 构建OrgDB OrgDB是bioconductor中存储不同数据库基因ID之间的对应关系,以及基因与GO等注释的对应关系的R软件包。共有19个物种,可以在这里下载 Bioconductor - BiocViews 没有OrgDB的物种可以通过AnnotationForge自己构建 使用eggnog-mapper的注释结果构建OrgDB(私聊我获取构建OrgDB脚本) ...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2287、弹幕量 0、点赞数 91、投硬币枚数 47、收藏人数 354、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
bulk RNA 数据合并R语言 r语言rnaseq 数据gsea分析 目前基于RNA做分析的文章中几乎都有 GSEA 的分析内容,并且都是出现在正文,那么这个也是表达基因筛选的一种重要方式,下面我将整个流程梳理一下,供大家参考。 GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,它的基本思想是使用预定义的基因,将基因按照在两类...
BulkRNA-seq转录组分析 Reference :我们⾃⼰测得的数据：交代⼀下需要准备的数据：⾸先要有双端测序的.fa.qz⽂件,要⽤⽹上下好的gene注释⽂件，hisat2需要⽤到，具体如何下载，见上⾯两个链接 注：也可以利⽤.fa⽂件⽣成对应的索引⽂件，命令如下：$HISAT_HOME/hisat-build $HISAT_...
3. 比对,生成bam文件:“将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对对参考基因租组” /home/glab/Shanyr/software/hisat2-2.1.0/hisat2 -p16-x ../../../bulk_rnaseq/jky-z001/refdata-cellranger-hg19-3.0.0/genes/genome_tran -1../neg/neg_R1.fq.gz -2../neg/neg_R2.fq.gz -S ../neg/neg...
3. 比对,生成bam文件:“将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对对参考基因租组” /home/glab/Shanyr/software/hisat2-2.1.0/hisat2 -p16-x ../../../bulk_rnaseq/jky-z001/refdata-cellranger-hg19-3.0.0/genes/genome_tran -1../neg/neg_R1.fq.gz -2../neg/neg_R2.fq.gz -S ../neg/neg...