今天我们同样以DESeq2差异分析结果为例,记录一下clusterProfiler执行GSEA的基础流程。 library(clusterProfiler) packageVersion("clusterProfiler")#[1]‘4.11.1’ 加载差异分析结果: set.seed(12345) setwd("D:/bioinformatics/2.NGS/1.bulk RNA-seq") load("./data/Merge2.Rdata") load("./data/DEG_DESeq2...
bulk RNA-seq | 下游分析 | 功能富集分析 ORA - clusterProfilermp.weixin.qq.com/s/in1O4Wte1jz8bqGwuAaAdw 参考文章: 1、生信技工:富集分析:(一)概述 2、联川生物:【联川沧海】富集分析ORA(通用富集分析)、FCS(GSEA、ssGSEA、GSVA)一网打尽 3、生信技工:富集分析:(一)概述 4、观科研:Bulk RNA-se...
对illumina数据进行处理,利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点,或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据,通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备: 数据下载: Humangenome(GRCh38/hg3):Index of /goldenPath/hg38/chromosomes (ucs...
通过RNA速率分析,在WT组中观察到类似的转录组动力学,但与3S-ASCVD组十分不同。RNA FISH结果表明,ACTA2、TNC、COLA3A1在斑块的纤维帽中表达,说明了TNC+ SMCs在动脉粥样硬化发生中的作用,经验证是LTBP1+ MFB亚群的来源,研究提出TNC+ SMC亚群是最有可能招募的“先锋”细胞,进行表型转化,从而促进AS的发展。 图5 ...
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
四、以DESeq2为例演示全过程 篇幅有限,本文仅演示基于DESeq2的差异分析全过程(基于counts进行分析,不能用tpm、fpkm等归一化后的数据,想获得练习数据,可在公众号输入:Bulk RNA-seq练习数据2)。 1.安装并加载R包(若有,则不用重新安装) install.packages('R.utils') ...
研究团队使用bulk RNA-seq数据验证 Bulk2Space的性能,其揭示了不同肿瘤区域免疫细胞的空间差异、炎症诱导肿瘤发生过程中组织的分子和空间异质性以及不同细胞类型中新基因的空间模式。此外,Bulk2Space对研究团队内部开发的称为Spatial-seq的测序方法的两个不同小鼠大脑区域的bulk RNA-seq数据进行空间去卷积分析,不仅重建...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2481、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 367、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
作者使用单细胞RNA-seq分析来识别参与缺血再灌注诱导AKI的巨噬细胞亚型，然后使用交叉的bulk RNA-seq数据筛选相关枢纽基因，调查细胞分化的进展并用CellChat分析揭示细胞集群之间的串扰。作者预制了免疫荧光和RT-PCR，以验证已识别的枢纽基因的表达。在正常样本和缺血再灌注肾损伤（IRI）后3天之间的浸润巨噬细胞中发现了...
1.为什么要做Bulk RNA-seq& scRNA-seq联合分析？普通转录组测序（Bulk RNA-seq）是提取组织、器官、群细胞的TotalRNA进行测序，得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平，用来比较不同组织间的表达差异，但对内部细胞异质性较强的系统很多异常基因表达的信息会出现丢失。单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞...