价值: 1.Bulk RNA-seq是入门生物信息学的好途径,是学习后续进阶内容(如单细胞RNA-seq和空间RNA-seq)的基础,如果没有接触过Bulk RNA-seq,一开始就去学习单细胞RNA-seq,学习难度和成本会大大增加; 2.Bulk RNA-seq在过去、现在和未来的应用场景:十几年前Bulk RNA-seq刚出现的时候,简单测序和分析就可以发表一篇...
基于其独特的RNA特征,Kassandra算法可应用于不同细胞类型,可使人们更好、更全面地了解仅含RNA-seq数据的档案样本中的生物学,未来有望支持多种疾病的临床应用。
4、观科研:Bulk RNA-seq | 第7期. GO富集,我收藏了 5、基迪奥生物:KEGG富集分析及可视化,一把子拿捏! 6、基迪奥生物:GO富集分析及可视化,一把子拿捏!
用于处理 bulk RNA-seq(例如 edgeR 或 DESeq2 )的工具非常强大且成熟。 因此,当单细胞 RNA-seq 出现时,能将相同的想法应用于新环境。当然,也有许多尝试使用不同的统计分布和假设来更好地适应单细胞数据的属性。快速浏览一下谷歌就会发现,有足够多的相互竞争的方法可以保证至少有一篇基准论文。 作者认为匆忙为单...
在文章《RNA-Seq—特应性皮炎分子机制研究的利器》中,对RNA-Seq在特异性皮炎分子机制研究中的作用进行了详细的阐述,可全面分析组织、血液、石蜡包埋切片(FFPE)等样本的mRNA表达情况,探究特异性皮炎(AD)的发病机制,尤其是相关免疫和炎症通路,如Th1、Th2、Th17、Th22细胞极化过程等。
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
mRNA测序的优势:1、与基因表达芯片相比,mRNA-Seq在分析转录组方面具有诸多优势。2、该方法适用于更广泛的动态范围,不仅可增加灵敏度,还可提高基因表达中测量的倍数变化的准确性。3、可捕获已知特征和新发特征4、可广泛应用于众多物种优势 真核测序样品要求 1.样本类型:total RNA 2.样本总量:>=2 μg 3.样本浓度...
具体应用则根据实际情景有所侧重,多个效应细胞群体侧重细胞间差异,单个或两个效应细胞群体侧重处理组之间的差异;二是RNA覆盖度的扩展,引入非编码RNA甚至是可变剪切的特征描述,这是bulk RNA-seq相对于scRNA-seq的一个重要优势,同时非编码RNA也是调控基因表达的一个重要因素,更完善的基因调控网络的构建更有助于提高文章...
因此,Immugent今天就介绍一款新的单细胞注释软件--Sincast,相较于其它软件,它利用了bulk RNAseq的数据优势,联合两种测序手段,从而达到互相补充的作用。相应的文章于今年发表在Briefings in Bioinformatics杂志上,篇名为:Sincast: acomputationalframeworktopredictcellidentitiesinsingle-celltranscriptomesusingbulkatlasesas...