Bulk RNA为scRNA数据提供指引,高变基因的表达又可以相互验证。 文章思路 中文题目: scRNA-seq揭示了平滑肌细胞亚群对动脉粥样硬化发生的作用 组学研究样本设计: Bulk RNA共40例:3只WT,3只3S-ASCVD,各取AS易发和AS抗性共7个区域的动脉进行RNA-seq。 scRNA共7例:一只WT和一只3S-ASCVD的AS易发区域的髂动脉和AS抗性...
这个部分的分析思路相对比较传统,但是我们需要注意两点:一是生物学意义的变化,增加了细胞类型这一层含义(在一般的bulk RNA-seq使用较少),所以差异分析可以从细胞之间的差异和处理组之间的差异两方面入手,具体应用则根据实际情景有所侧重,多个效应细胞群体侧重细胞间差异,单个或两个效应细胞群体侧重处理组之间的差异;二...
1. 文章的单细胞数量不多,12222个细胞研究了棉花色素腺的形成和发育,并且发表在了Molecular Plant上,其文章特色是每一步都结合了bulk RNA-seq在萌发不同时期的表达模式,进一步证实了scRNA-seq挖掘结果的准确性,是一篇非常好的非模式植物单细胞+普通转录组的经典案例。 2. 关键节点的scRNA-seq+不同发育时间的bulk ...
RNA-seq reads 分布 小云爱生信 382 0 第三讲 | R语言-R语言与Rstudio安装【寻因生物单细胞生信分析培训】 寻因生物 1038 1 刚确诊就进入生命倒计时!这类罕见病有多可怕? Z7正版老鸽 4.6万 142 第二期 | 创造10年无癌传奇的CAR-T疗法未来将走向何方?【单细胞很忙】 寻因生物 144 0 展开 ...
1.借助公共bulk RNA-seq数据分析了CCA的免疫微环境。 2.进一步通过H&E、IHC、MIHC等病理方法区分不同成熟阶段的TLS。 3.借助H&E染色组织切片将样本分为TLS阴性组和TLS阳性组,用bulk RNA-seq寻找差异基因,筛选TLS marker,并用IHC方法进行了验证。 4.根据TLS在肿瘤的不同区域进行划分,研究发现TLS在不同区域的不...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2535、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 369、转发人数 31, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
bulk RNA-seq | 下游分析 | 功能富集分析 ORA - clusterProfiler 功能富集分析 ORA | clusterProfiler 读取本地化KEGG数据 ORA算法的主要思想是统计评估目标基因集中属于特定功能条目的基因的比例。如果这种比例出现的可能性(期望)很低,远低于随机事件发生的概率,那么我们就认为我们观察到的富集情况是“显著”的。该过...
因此,当单细胞 RNA-seq 出现时,能将相同的想法应用于新环境。当然,也有许多尝试使用不同的统计分布和假设来更好地适应单细胞数据的属性。快速浏览一下谷歌就会发现,有足够多的相互竞争的方法可以保证至少有一篇基准论文。 作者认为匆忙为单细胞“更好”做差异表达而忽略的一件事是,被问到的生物学问题有细微的差别...
细胞作为人体最小的功能单位,其基因表达与功能特异性与疾病的致病机理息息相关。传统细胞研究——Bulk测序(Bulk RNA-seq)是在大量细胞平均水平上对整个细胞群进行组学分析,得到每一部分细胞基因表达的平均值,而丢失了每个细胞的异质性信息...