价值: 1.Bulk RNA-seq是入门生物信息学的好途径,是学习后续进阶内容(如单细胞RNA-seq和空间RNA-seq)的基础,如果没有接触过Bulk RNA-seq,一开始就去学习单细胞RNA-seq,学习难度和成本会大大增加; 2.Bulk RNA-seq在过去、现在和未来的应用场景:十几年前Bulk RNA-seq刚出现的时候,简单测序和分析就可以发表一篇...
setwd("D:/bioinformatics/2.NGS/1.bulk RNA-seq") load("./data/Merge2.Rdata") load("./data/DEG_DESeq2.Rdata") # 设定阈值,筛选显著上下调差异基因 logFC <- 2 Pvalue <- 0.01 DEG_DESeq2$Group <- ifelse(DEG_DESeq2$log2FoldChange > logFC & DEG_DESeq2$padj < Pvalue,"Up", ...
1. 文章的单细胞数量不多,12222个细胞研究了棉花色素腺的形成和发育,并且发表在了Molecular Plant上,其文章特色是每一步都结合了bulk RNA-seq在萌发不同时期的表达模式,进一步证实了scRNA-seq挖掘结果的准确性,是一篇非常好的非模式植物单细胞+普通转录组的经典案例。 2. 关键节点的scRNA-seq+不同发育时间的bulk ...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2287、弹幕量 0、点赞数 91、投硬币枚数 47、收藏人数 354、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
基于其独特的RNA特征,Kassandra算法可应用于不同细胞类型,可使人们更好、更全面地了解仅含RNA-seq数据的档案样本中的生物学,未来有望支持多种疾病的临床应用。 参考文献: Aleksandr Zaitsev, Maksim Chelushkin, Daniiar Dyikanov. et al. Precise reconstruction of the TME using bulk RNA-seq and a machine ...
Bulk RNA-seq研究能保证测序深度,实现转录本的均匀覆盖,但特异性不足;scRNA-seq研究能精细到细胞水平,去除污染,保证基因检出的高特异性,但低丰度细胞类型,转录本检出的敏感性又差。很多研究开始两种技术结合使用,追赶热点的同时,实现优势互补,提升基因表达检测的全面性和准确性。
因此,当单细胞 RNA-seq 出现时,能将相同的想法应用于新环境。当然,也有许多尝试使用不同的统计分布和假设来更好地适应单细胞数据的属性。快速浏览一下谷歌就会发现,有足够多的相互竞争的方法可以保证至少有一篇基准论文。 作者认为匆忙为单细胞“更好”做差异表达而忽略的一件事是,被问到的生物学问题有细微的差别...
Bulk RNA-seq + 病理挖掘TLS标记物 接下来,作者使用来自癌症基因组图谱(TCGA)胆管癌队列的H&E染色组织切片来量化TLS(图4A)。将样本分为两组(TLS阴性组和TLS阳性组),探讨TLS的存在与基因突变的关系。然而,在这两组具有不同TLS状态的人群中,基因突变没有显著差异(图4B)。之前的一项研究也一致地表明,免疫亚型与...
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...