今天帮一个师妹做bulk-RNAseq的比对,她本次测序有25个样本,每个样本单独一个文件夹,内含 “_1.fastq”和“_2.fastq”两个文件。所以一共是50个fastq文件。 问题来了:针对大量fastq文件,如何做批量下载与比对?花了大概4个小时,帮她搞定,拿到了counts文件。 具体方案如下: 1.数据转移到服务器 本次测序数据由...
众所周知,RNAseq可以分为Bulk-RNAseq与scRNAseq。Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics 需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;...
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因...
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了 bulk RNA Seq 和 single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞 cDC2 分为两个亚型,这两类 DC 细胞主要差异表达 T -bet(一个 T 细胞相关转录因子)和 RORγt(粘膜表面的一种多功能核...
首先使用CTL特异性基因的平均表达来评估bulk RNA-seq数据集中每个样本的CTL水平。然后,根据平均CTL水平,将患者分成高CTL组和低CTL组。随后评估了每个间质亚群的signature(差异表达基因)是否影响CTL水平,进而对患者预后产生影响。结果发现iCAF特征基因显著富集了与CTL功能障碍相关的基因。在iCAF功能障碍signature表达水平较...
双剑合璧：scRNA-seq与bulk RNA-seq联合分析揭示了细胞异质性和衰老研究的新视角。两种技术各有优势：Bulk RNA-seq代表细胞群体，适合大规模研究，而scRNA-seq则能精细捕捉单细胞异质性。2019年Cell上的一项研究通过联合scRNA-seq和bulk RNA-seq，揭示了小鼠和人类树突状细胞的异质性基础，通过比较两种测序...
今天来跟大家分享一款非常优秀的桌面级的RNAseq定量软件——kallisto。该软可以同时用于bulk and single-cell RNA-Seq 以及一些常见的目标捕获的高通量测序数据的定量。与以往常用的STAR等依赖基因组序列的比对软件不同,kallisto采用一种被称作伪比对(pseudoalignment)的方式直接将测序片段直接比对到cDNA序列然后定...
所以,我们可以选择一条相对并行的分析策略,bulk RNA-seq注重对基因的解读,scRNA-seq注重对细胞的解读,二者通过进一步基因来形成关联,这是充分利用了两个技术的优势特性。在这条分析思路中,基因承载着两个功能:机制解析和细胞注释。bulk RNA-seq可以通过多样的差异分析手段初步得到感兴趣的基因集合(这是标准的普通转录...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
scRNA-seq和bulk RNA-seq也因此形成了细胞与基因上面的互补。在实际关联中,我们可以采用两个实验设计思路: (1)scRNA-seq补充bulk RNA-seq,bulk RNA-seq初步确定基因,scRNA-seq确定相关细胞类型,这个思路适合对于细胞的精细化研究。细胞大类是前人已经有所研究时,为了提高文章创新性,我们就需要向更精细的细胞类型进行...