scRNA-seq揭示了平滑肌细胞亚群对动脉粥样硬化发生的作用 组学研究样本设计: Bulk RNA共40例:3只WT,3只3S-ASCVD,各取AS易发和AS抗性共7个区域的动脉进行RNA-seq。 scRNA共7例:一只WT和一只3S-ASCVD的AS易发区域的髂动脉和AS抗性区域的锁骨下动脉,以及三名患者颈动脉粥样硬化组织标本,进行scRNA-seq。 蛋白组共6...
scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& scRNA-seq有哪些？在文章中是如何应用的？No.1...
这篇文章同时进行了bulk RNA Seq和scRNA Seq,并且对两种测序产生的结果进行比较讨论两种测序方式结果的一致性。这篇文章不仅发现了新型的DC亚群,基于流式细胞术将细胞分选后分别进行的RNA-Seq测序,充分利用流式细胞术分析细胞表面和细胞内分子表达特征的优势,界定不同种类的细胞群,测定分离出的亚类纯度,分析细胞的大小...
这篇文章同时进行了bulk RNA Seq和scRNA Seq,并且对两种测序产生的结果进行比较讨论两种测序方式结果的一致性。这篇文章不仅发现了新型的DC亚群,基于流式细胞术将细胞分选后分别进行的RNA-Seq测序,充分利用流式细胞术分析细胞表面和细胞内分子表达特征的优势,界定不同种类的细胞群,测定分离出的亚类纯度,分析细胞的大小...
Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics 需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;非常消耗运存和内存,一般情况下需要利用服务器做...
此外,Miguchi等报道,gasdermin C(GSDMC)敲低可以抑制CRC细胞的增殖和肿瘤发生,而增加GSDMC的表达可以促进细胞增殖。因此,探讨焦亡在CRC中的作用,可为深入了解CRC预后机制和抗肿瘤免疫活性提供新的视角。本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq研究了焦亡在CRC中的作用,为探索CRC的治疗提供了新的视角。
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2280、弹幕量 0、点赞数 91、投硬币枚数 47、收藏人数 353、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
scRNA-seq和bulk RNA-seq也因此形成了细胞与基因上面的互补。在实际关联中,我们可以采用两个实验设计思路: (1)scRNA-seq补充bulk RNA-seq,bulk RNA-seq初步确定基因,scRNA-seq确定相关细胞类型,这个思路适合对于细胞的精细化研究。细胞大类是前人已经有所研究时,为了提高文章创新性,我们就需要向更精细的细胞类型进行...
这篇文章同时进行了bulk RNA Seq和scRNA Seq,并且对两种测序产生的结果进行比较讨论两种测序方式结果的一致性。这篇文章不仅发现了新型的DC亚群,基于流式细胞术将细胞分选后分别进行的RNA-Seq测序,充分利用流式细胞术分析细胞表面和细胞内分子表达特征的优势,界定不同种类的细胞群,测定分离出的亚类纯度,分析细胞的大小...
【工作环境:R.studio】 1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq)、scRNA-seq、snRNA-seq的区别? (转录组测序即RNA-seq分为bulk、...