文章通过scRNA-seq与bulk RNA-seq联合应用探索与黑色素瘤患者免疫检测点阻断毒性相关的T细胞特征,发现治疗前外周血中的激活的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性与严重的irAE发生相关。首先对单细胞研究队列中黑色素瘤患者治疗前外周血样本进行分析,在所有亚群中只有CD4效应记忆T(TEM)细胞在治疗前血液中较高的水平与严重的irAE...
经过蛋白质网络互作分析( PPI教程:String:不仅仅是一个PPI分析平台.),作者筛选出了一些核心基因用于下游的生存分析,并发现了显著的差异。 为了验证PKP1在bulk RNA-Seq的详细分布信息,作者挖掘了鼻咽癌scRNA-Seq数据,发现PKP1在上皮细胞中表达并通过免疫组化的方式加以验证(又是Biomamba羡慕的,好想要临床样本): 紧...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细…
作者选择了scRNA-seq数据中与CytoTRACE相关性大于0.4的856个基因,以及与mRNAi相关的WGCNA基因。 B:总共鉴定了16个与LIHC预后相关的基因用于进一步分析,并且它们都显示出预后意义。 C:通过LASSO回归分析筛选出4个具有预测价值的基因(STIP1、H2AFZ、BRIX1和TUBB),并将其用于预测模型的构建。采用多因素考克斯回归分析进一...
Bulk RNA-seq研究能保证测序深度,实现转录本的均匀覆盖,但特异性不足;scRNA-seq研究能精细到细胞水平,去除污染,保证基因检出的高特异性,但低丰度细胞类型,转录本检出的敏感性又差。很多研究开始两种技术结合使用,追赶热点的同时,实现优势互补,提升基因表达检测的全面性和准确性。
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
scRNA-seq和bulk RNA-seq也因此形成了细胞与基因上面的互补。在实际关联中,我们可以采用两个实验设计思路: (1)scRNA-seq补充bulk RNA-seq,bulk RNA-seq初步确定基因,scRNA-seq确定相关细胞类型,这个思路适合对于细胞的精细化研究。细胞大类是前人已经有所研究时,为了提高文章创新性,我们就需要向更精细的细胞类型进行...
现在纯生信文章还能发吗?当然可以!这篇文章零实验,scRNA-seq与bulk RNA-seq联 合分析,两种测序结果相互印证,轻松发7分+文章!关注起来,布小谷这里有很多生信热点等你来哦,手把手教你如何轻松上手生信文章!肿瘤相关成纤维细胞(CAF)在癌症进展中起重要作用,人们对C
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因...
整合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq构建肝细胞癌干细胞标签,以探索其对患者预后和治疗的影响 1基本信息: 发表期刊:PLOS ONE DOI:10.1371/journal.pone.0298004 发表时间:April 18, 2024 样本类型:肝细胞癌(LIHC)患者的肿瘤组织样本 2背景知识 看这个文献之前,首先要知道下面的几个背景知识: ...