Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细…
单细胞数据虽然提高了信息挖掘的颗粒度,但是经常比较遗憾的是没有一些的临床信息(如治疗响应、耐药、复发信息等),因此scRNA-seq与bulk RNA-seq联合分析应运而生,既满足临床问题的研究可行性又对齐了颗粒度。 说到scRNA-seq与bulk RNA-seq数据的联合分析,就不得不提及到Scissor这个利器了,该软件于2021年发表在神刊...
研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。 03 结果简述 3.1 数据来源 1.AD患者和正常...
两种技术各有优势：Bulk RNA-seq代表细胞群体，适合大规模研究，而scRNA-seq则能精细捕捉单细胞异质性。2019年Cell上的一项研究通过联合scRNA-seq和bulk RNA-seq，揭示了小鼠和人类树突状细胞的异质性基础，通过比较两种测序结果，验证了scRNA-seq的准确性，发现了新的DC亚型，并利用流式细胞术深度分析细胞...
Bulk RNA-seq研究能保证测序深度,实现转录本的均匀覆盖,但特异性不足;scRNA-seq研究能精细到细胞水平,去除污染,保证基因检出的高特异性,但低丰度细胞类型,转录本检出的敏感性又差。很多研究开始两种技术结合使用,追赶热点的同时,实现优势互补,提升基因表达检测的全面性和准确性。
scRNA-seq和bulk RNA-seq也因此形成了细胞与基因上面的互补。在实际关联中,我们可以采用两个实验设计思路: (1)scRNA-seq补充bulk RNA-seq,bulk RNA-seq初步确定基因,scRNA-seq确定相关细胞类型,这个思路适合对于细胞的精细化研究。细胞大类是前人已经有所研究时,为了提高文章创新性,我们就需要向更精细的细胞类型进行...
普通转录组测序（Bulk RNA-seq）是提取组织、器官、群细胞的TotalRNA进行测序，得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平，用来比较不同组织间的表达差异，但对内部细胞异质性较强的系统很多异常基因表达的信息会出现丢失。单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，...
现在纯生信文章还能发吗?当然可以!这篇文章零实验,scRNA-seq与bulk RNA-seq联 合分析,两种测序结果相互印证,轻松发7分+文章!关注起来,布小谷这里有很多生信热点等你来哦,手把手教你如何轻松上手生信文章!肿瘤相关成纤维细胞(CAF)在癌症进展中起重要作用,人们对C
激活的IFN-JAK-STAT信号也见于外周血,突出了SjD的全身免疫系统失调。通过JAKi调节JAK-STAT通路,在体外条件下表明无细胞毒性且有效。这些结果表明托法替尼(JAK抑制剂药物)是SjD患者的潜在治疗策略。 04 主要结果 图2 MSG scRNA-Seq 图3 PBMC scRNA-Seq
scRNA-seq:单细胞RNA测序,用于分析单个细胞的转录组。 scDNA-seq:单细胞DNA测序,用于分析单个细胞的基因组。 5. 优缺点: 优点:提供高分辨率的单细胞信息,可以解析细胞异质性。 缺点:成本较高,数据处理相对复杂,对样本数量和细胞数量要求高。 批量测序: ...