scRNA-seq揭示了平滑肌细胞亚群对动脉粥样硬化发生的作用 组学研究样本设计: Bulk RNA共40例:3只WT,3只3S-ASCVD,各取AS易发和AS抗性共7个区域的动脉进行RNA-seq。 scRNA共7例:一只WT和一只3S-ASCVD的AS易发区域的髂动脉和AS抗性区域的锁骨下动脉,以及三名患者颈动脉粥样硬化组织标本,进行scRNA-seq。 蛋白组共6...
研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。 03 结果简述 3.1 数据来源 1.AD患者和正常...
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因...
当使用bulk RNA-seq时,每个细胞的转录组差异同样会被多个细胞的平均信息所掩盖,而如果在单细胞水平对每个细胞进行分析,我们就可以得到异质性信息,进而可以对细胞进行更准确地分群、发现新的细胞种类、研究随机基因的表达,以及对细胞谱系路径进行探索。为药物研发提供更准确...
Bulk RNA-seq 和 single cell RNA-seq 的主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而 bulk 测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行 Bulk RNA-seq 和...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
现在纯生信文章还能发吗?当然可以!这篇文章零实验,scRNA-seq与bulk RNA-seq联 合分析,两种测序结果相互印证,轻松发7分+文章!关注起来,布小谷这里有很多生信热点等你来哦,手把手教你如何轻松上手生信文章!肿瘤相关成纤维细胞(CAF)在癌症进展中起重要作用,人们对C
伪批量(pseudo-bulk)指的是将单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,按照基因累加counts表达值,当作样本或细胞类型的Bulk RNA-seq数据,目的是比较样本或细胞类型间的总体差异。一般有两种形式: 形式1:将一个样本的单细胞数据合并成一个样本的bulk数据,使不同样本之间具有可比性,如图1 ...
这篇文章主要是联合了bulk RNA-Seq与scRNA-Seq来挖掘与鼻咽癌预后相关的biomarker,主体是数据挖掘的内容,也就是说基本无需经费。文章思路十分清晰,讲解起来也比较容易。 B站同步播出,连播跳转更方便,此处链接可直达:视频链接 PPT链接,建议用谷歌浏览器打开,微信或腾讯浏览器打开会显示失效:PPT链接 文献内容 Figure1中...
2024年3月20日Aging在线发表了题为Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq reveal the characteristics of disulfidptosis and a prognostic signature in BLCA的文章。 摘要 二硫化物死亡是一种新…