研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。 03 结果简述 3.1 数据来源 1.AD患者和正常...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因...
2024年3月20日Aging在线发表了题为Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq reveal the characteristics of disulfidptosis and a prognostic signature in BLCA的文章。 摘要 二硫化物死亡是一种新发现的细胞死亡模式。然而,它在膀胱癌(BLCA)中的生物学机制仍未确定。在这项调查中,我们首先检测了BLCA...
首先使用CTL特异性基因的平均表达来评估bulk RNA-seq数据集中每个样本的CTL水平。然后,根据平均CTL水平,将患者分成高CTL组和低CTL组。随后评估了每个间质亚群的signature(差异表达基因)是否影响CTL水平,进而对患者预后产生影响。结果发现iCAF特征基因显著富集了与CTL功能障碍相关的基因。在iCAF功能障碍signature表达水平较...
Bulk RNA-seq研究能保证测序深度,实现转录本的均匀覆盖,但特异性不足;scRNA-seq研究能精细到细胞水平,去除污染,保证基因检出的高特异性,但低丰度细胞类型,转录本检出的敏感性又差。很多研究开始两种技术结合使用,追赶热点的同时,实现优势互补,提升基因表达检测的全面性和准确性。
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2280、弹幕量 0、点赞数 91、投硬币枚数 47、收藏人数 353、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
scRNA-seq和bulk RNA-seq也因此形成了细胞与基因上面的互补。在实际关联中,我们可以采用两个实验设计思路: (1)scRNA-seq补充bulk RNA-seq,bulk RNA-seq初步确定基因,scRNA-seq确定相关细胞类型,这个思路适合对于细胞的精细化研究。细胞大类是前人已经有所研究时,为了提高文章创新性,我们就需要向更精细的细胞类型进行...
scRNA-seq 与 BulkRNA-seq之间的互相比对 1. 方法一 An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics 方法一 2. 方法二 Testis single-cell RNA-seq reveals the dynamics of de novo gene transcription and germline mutational bias in Drosophila ...