局限性：scRNA-seq 通常只能用于活细胞，不能有效地从固定或死细胞中提取信息。snRNA-seq (单核RNA测序...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2280、弹幕量 0、点赞数 91、投硬币枚数 47、收藏人数 353、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
此外,scRNA-seq的通量更高,可扩展性更好。Kurtishi还指出,scRNA-seq对新鲜解离组织或细胞悬液特别有效。 尽管许多组织类型都适合scRNA-seq流程,但某些组织或特定条件可能不兼容。scRNA-seq的另一个缺点是细胞解离过程可能比较繁琐和困难,通常涉及到复杂的操作,需要长时间的孵育。这种解离过程可能会因细胞应激而产生偏倚...
1.scRNA-seq数据分析主要包括数据预处理、细胞聚类、基因表达差异分析等步骤。由于单个细胞的RNA测序数据存在噪音和稀疏性,因此需要进行特殊的数据处理和统计分析方法。 2.snRNA-seq数据分析与scRNA-seq类似,但由于细胞核中的RNA相对稳定且不易受到细胞状态的影响,因此在数据预处理和细胞聚类等步骤上可能会有一些差异。
1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq)、scRNA-seq、snRNA-seq的区别? (转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。
比对基因组序列是有很多工具的,当然这个是用于RNA-seq的,我的例子给的是scRNA-seq,应当使用10X自己的cellranger来处理,然后导入scanpy分析。此处只列举STAR,至于HISAT2, TopHat暂不考虑。 首先是安装STAR这个分析软件: sudo apt-get install g++ make # 确保已安装C++编译器(如g++)和Make工具 wget https://githu...
单细胞RNA-seq(single cell RNA-seq, scRNA-seq)是目前用于细胞类型、细胞状态研究的核心工具,很多实验室也同时围绕scRNA-seq技术建立了多种计算方法并且优化了建库方法,不同方法在如何鉴别分子的细胞来源和文库建立方面有所区别。scRNA-seq技术不断革新、升级的同时,随之产生的高分辨、高通量数据也助力发表了多项研究...
2019 年,来自华盛顿大学医学院的 Benjamin D. Humphreys 团队比较分析了肾脏组织的单细胞 RNA 测序(scRNA-seq) 和肾脏组织的单细胞核 RNA 测序(snRNA-seq) 在肾脏细胞类群鉴定中的区别。与 scRNA-seq 相比,snRNA-seq 捕获了多种在 scRNA-seq 数据集中不存在的肾脏细胞类型,包括肾小球足细胞、系膜细胞和内皮细...
RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析方面),且与先前的基于基因芯片的技术比起来,获得的信息更多、偏好性更小。到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不同的应用。大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA...