在过去的十年中,RNA测序(RNA-seq)成为差异基因表达、mRNA差异剪接等研究场景不可或缺的重要手段。随着高通量测序技术的不断发展,RNA-seq的研究技术、分析方法也在不断发展。现在RNA-seq用于研究RNA相关的各方面生物学问题,包括单细胞基因表达、RNA翻译、RNA结构、空间转录学、全转录组、RNA-蛋白互作等。对于RNA-seq...
RNAseq原始数据是上传到GEO还是CNSA 做单细胞转录组测序的原始数据,一般都是上传到NCBI的GEO数据库的。 GEO数据库长这个样子: 拉到下面可以看到sample和project,是存放原始数据(fastq测序文件)所在。 但原始测序数据一般比较大,特别是scRNAseq,一个样本的双端测序数据文件压缩后至少50G起。另外就是拿到原始测序数据,...
目前科学界普遍认为,某些特定的应用优选用阵列进行而其他的用 RNA 测序 (RNA-Seq) 进行。此外,很多人看到了利用两种技术的优势进行表达研究的机会。 申请转录组谱分析项目报价 › 网络讲座 用于癌症研究中转录组分析的 RNA 测序和表达阵列的性能评估 微阵列芯片还是 RNA-Seq?为您的工作选择合适...
一些稳定的样本，譬如人重测序，cfDNA会看一下GC偏移，但是RNA-seq好像对GC含量的关注不高，并且RNA还有...
ATAC-seq技术可以进行样本之间差异的染色质开放位点的比较，通常并不单独使用。作为检测表观遗传-染色质...
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最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具，发现官方有qiime2的流程，学习一下，顺便...
RNA-Seq 实验中不同的 DNA 拷贝数主要是由两个因素的引起的: ➊细胞中转录本的表达水平在几个数量级之间变化:一些转录本可以以每个细胞超过 10,000 个拷贝的方式存在,但其他转录本可能仅以非常低的水平表达,只有 1-2 个拷贝。 总RNA 样本中最丰富的转录本是 rRNA、tRNA 和管家基因mRNA。此外,组织或样本特...
RNA-Seq 实验中不同的 DNA 拷贝数主要是由两个因素的引起的: ➊细胞中转录本的表达水平在几个数量级之间变化:一些转录本可以以每个细胞超过 10,000 个拷贝的方式存在,但其他转录本可能仅以非常低的水平表达,只有 1-2 个拷贝。 总RNA 样本中最丰富的转录本是 rRNA、tRNA 和管家基因mRNA。此外,组织或样本特...
在过去的十年中,RNA测序(RNA-seq)成为差异基因表达、mRNA差异剪接等研究场景不可或缺的重要手段。随着高通量测序技术的不断发展,RNA-seq的研究技术、分析方法也在不断发展。现在RNA-seq用于研究RNA相关的各方…