普通单细胞转录测序(scRNA-seq)分析主要依赖于编码基因表达进行细胞分型等分析,而研究表明相比蛋白编码基因,lncRNA具有更强的细胞特异性。在传统Bulk-seq检测中,在细胞亚群或单个细胞中的高表达lncRNA往往在组织水平表现为低表达。而单细胞lncRNA测序则可显著提升对细胞亚群特异性lncRNA的检测能力。
grep -v'^#'Homo_sapiens.GRCh38.84.filtered.gtf|awk -vFS='gene_biotype''NF>1{print $2}'|awk -F";"'{print $1}'|sort|uniq -c > gene_biotype.list# 查看文本信息cat gene_biotype.list"""128 "3prime_overlapping_ncrna"45662 "antisense"24 "bidirectional_promoter_lncrna"213 "IG_C_gene"...
大量的研究已经证明了lncRNA和circRNA在细胞的各种生物过程中所起的作用。因此,这样的 scRNA-seq方法可以在单细胞水平上全面探索蛋白编码和非编码的RNA。 单细胞数据比对和基因表达定量 数据的比对率是衡量单细胞数据质量的重要指标之一。在此方面,Bulk RNA-seq和scRNA-seq没有区别。最初为Bulk RNA-seq开发的比对...
大部分公开的流程都是使用oligodT引物,可以捕获到具有多聚结构的mRNA和少部分lncRNA。 SUPeR-seq使用了混合oligodT和六碱基随机引物的方法,然而它没有去除rRNA却只检测到很少的rRNA,猜测是没有把二级结构打开。 MATQ-seq最近被报道比Smart-seq2更灵敏,产量更高。它是基于MALBAC引物设计的,能做到全基因覆盖,检测总R...
大部分公开的流程都是使用oligo-dT引物,可以捕获到具有多聚结构的mRNA和少部分lncRNA。 SUPeR-seq使用了混合oligodT和六碱基随机引物的方法,然而它没有去除rRNA却只检测到很少的rRNA,猜测是没有把二级结构打开。 MATQ-seq最近被报道比Smart-seq2更灵敏,产量更高。它是基于MALBAC引物设计的,能做到全基因覆盖,检测总...
其次,现有scRNA-seq技术主要针对含有poly-A尾的mRNA,不能检测在哮喘发病中具有重要作用但无poly-A尾的microRNA和lncRNA等,这也是scRNA-seq技术需要完善的重要方面。最新研究显示,单细胞组学研究已由转录组学向多组学延伸,未来的单细胞多组学测序技术将更全面和准确揭示多种类型肺部细胞及其亚型在哮喘发病中的具体作用...
大部分公开的流程都是使用oligodT引物,可以捕获到具有多聚结构的mRNA和少部分lncRNA。 SUPeR-seq使用了混合oligodT和六碱基随机引物的方法,然而它没有去除rRNA却只检测到很少的rRNA,猜测是没有把二级结构打开。 MATQ-seq最近被报道比Smart-seq2更灵敏,产量更高。它是基于MALBAC引物设计的,能做到全基因覆盖,检测总...
大部分公开的流程都是使用oligodT引物,可以捕获到具有多聚结构的mRNA和少部分lncRNA。 SUPeR-seq使用了混合oligodT和六碱基随机引物的方法,然而它没有去除rRNA却只检测到很少的rRNA,猜测是没有把二级结构打开。 MATQ-seq近期被报道比Smart-seq2更灵敏,产量更高。它是基于MALBAC引物设计的,能做到全基因覆盖,检测总...
高通量组学研究已经发展了快20年,从最开始的基因芯片到二代测序,从编码基因到lncRNA,circRNA,从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热,相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火,但是不是所有的研究都适用,是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢?本期小编带来单细胞测序Q&A。
高通量组学研究已经发展了快20年,从最开始的基因芯片到二代测序,从编码基因到lncRNA,circRNA,从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热,相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火,但是不是所有的研究都适用,是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢?本期小编带来单细胞测序Q&A。