(2)lncRNA表达调控研究:LncRNA-Seq用于研究不同细胞类型、组织、发育阶段、生理状态或疾病状态下lncRNA的表达变化,帮助了解lncRNA在基因调控中的作用。 (3)lncRNA与疾病关联研究:通过比较疾病患者和正常对照组的lncRNA表达数据,可以鉴定与疾病相关的lncRNA,从而深入了解lncRNA在疾病发生机制中的作用。 (4)lncRNA与...
lncRNA是一类不编码蛋白质但在基因调控、细胞过程等方面扮演重要角色的RNA分子。以下是一些LncRNA-Seq的应用方向: (2)lncRNA表达调控研究:LncRNA-Seq用于研究不同细胞类型、组织、发育阶段、生理状态或疾病状态下lncRNA的表达变化,帮助了解lncRNA在基因调控中的作用。 (3)lncRNA与疾病关联研究:通过比较疾病患者和正常...
scRNA-seq:原始肠管(PG),后前肠(PFG),胰腺祖细胞(PP)进行单细胞测序。还有PFG转化为PP细胞第2天的正常和MIR503HG敲除细胞进行单细胞测序。 RNA-seq:在定形内胚层(DE)、PG、PFG和PP阶段,WT和MIR503HG−/−细胞分别进行mRNA-seq。 研究思路 研究结果 1. 人胰腺祖细胞的分化图谱研究 为了研究PP的分化过程...
LncRNAs一般表达水平较低,且在低水平即可发挥功能,常常被高丰度的RNAs所遮盖(图1A和1B)[1]。RNA-seq对于lncRNA检测存在严重的局限性。 由于lncRNAs丰度低和缺少全长注释信息,导致lncRNAs的定量不准。 如果仅仅是定性检测一个lncRNA,少量的可重复测序reads即可满足需求。然而,由于RNA-seq数据过于分散而导致的Poisson误...
https://github.com/xuechantian/Plant-LncRNA-pipline hisat2安装时候可能报错,存在一些依赖关系,建议照着官方走一遍。 StringTie 照着来就行 LncFinder-plant安装也有点麻烦,ubuntu可能需要一些依赖比如: sudo apt-get install libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev ...
●RNA-Seq不能精确定量LncRNA与RNA-Seq数据分析不成熟密切相关 ●芯片比RNA-Seq更适合低丰度lncRNAs表达谱的检测 LncRNAs比蛋白编码RNAs表达水平低 LncRNAs的一个普遍特征是表达水平很低[1-5]。根据FPKM定量(每1百万个匹配上的fragments中,匹配到外显子的每1千个碱基上的fragments个数),LncRNAs的平均表达水平约为蛋...
为了研究植物中lncRNA对基因表达的调控功能,作者对样本total RNA进行rRNA去除后进行链特异性RNA-seq,结合生物信息学分析方法,系统鉴定和分析了模式植物拟南芥中的lncRNA。该研究共鉴定到了6510个lncRNA,其中包括4050个NAT-lncRNA以及2460个LincRNA(图2)。
● 测序平台:Hiseq X 10/Nova seq ● 测序类型:PE150 ● 测序数据量:10 G/样本 lncRNA测序实验流程 lncRNA测序分析流程 样品要求(RNA) 1) 样品纯度:OD 260/280值应在1.9～2.2 之间。 2) 样品浓度:最低浓度不低于100ng/ul。 3) 样品总量:每个样品总量不少于2µg。
由于长链非编码RNA(lncRNA)在人类疾病进展中发挥着关键作用,本研究旨在通过RNA测序(RNA-seq)研究ADS相关信使RNA(mRNA)和lncRNA,并基于lncRNA-mRNA共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行全面的生物信息学分析。方法:最初,从三名ADS和三名接受手术的非退行性腰椎创伤患者中获得六份全血(WB)样本,进行RNA-...
单细胞lncRNA测序(scRNA-lncRNA seq) 普通单细胞转录测序(scRNA-seq)分析主要依赖于编码基因表达进行细胞分型等分析,而研究表明相比蛋白编码基因,lncRNA具有更强的细胞特异性。在传统Bulk-seq检测中,在细胞亚群或单个细胞中的高表达lncRNA往往在组织水平表现为低表达。而单细胞lncRNA测序则可显著提升对细胞亚群特异性...